В. О. Ключевский отмечал как недостатки метода «Истории» Голубинского: «…во-первых, наклонность уединять церковно-исторические явления от их обстановки… вне связи с исторической средой, в которой они возникли, и во-вторых, историко-критический скептицизм, излишняя подозрительность, с которой он относится к источникам нашей истории»16.

Недовольство Синода «Историей» задержало избрание Голубинского ординарным профессором МДА, которое все же состоялось 14 июня 1881 г. также при поддержке митрополита Макария. 29 декабря 1882 г. Голубинский стал членом-корреспондентом Академии наук по разряду историко-политических наук. С января 1884 г. по апрель 1893 г. был помощником ректора по церковно-историческому отделению и членом правления МДА. 17 января 1886 г. утвержден в звании заслуженного профессора. В 1886 – 1887 гг. – редактор журнала МДА «Прибавления к изданию творений святых отцов в русском переводе». В марте 1893 г. получил премию митрополита Макария за сочинение «Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая Лавра» (Сергиев Посад, 1892; 2-е изд. М., 1909). Его «История канонизации святых в Русской Церкви» (Сергиев Посад, 1894; 2-е изд. М., 1903) стала в дальнейшем пособием по канонизации. В июле 1895 г. вышел в отставку. 19 марта 1903 г. общим собранием Академии наук избран ординарным академиком по отделению русского языка и словесности. В 1906 – 1907 гг. стал членом Предсоборного присутствия при Синоде, в связи с чем издал брошюру «К вопросу о церковной реформе» (М., 1906). (Другие статьи по вопросу реформ были изданы уже после смерти Е. Е. Голубинского его учеником С. А. Белокуровым под общим названием «О реформах в быте Русской Церкви»17).

Вскоре Голубинский окончательно ослеп. Ученики продолжали работу над его наследием. Так, С. И. Смирнов записывал его воспоминания, ярко описывающие быт провинциального духовенства середины XIX в., духовное училище и семинарию, бытовую и научную атмосферу МДА на протяжении нескольких десятилетий. Умер ученый в 1912 г.

Большая часть трудов Голубинского была издана благодаря заботам учеников – С. А. Белокурова, С. И. Смирнова и других. Ряд исследований опубликован в журналах «Православное обозрение», «Богословский вестник», «Известия ОРЯС». При жизни было издано более 70 его работ18.

То, что осталось неопубликованным, хранилось у И. А. Голубцова или помещалось в государственные архивы.

Нельзя сказать, что наследие Е. Е. Голубинского обойдено вниманием. Переизданы «История Русской Церкви», «История канонизации святых в Русской Церкви», «Воспоминания», сборник «О реформах в быте Русской церкви». В 1985 – 1986 гг. в «Богословских трудах» издана (с некоторыми сокращениями) первая часть работы «Константин и Мефодий, апостолы славянские». Переиздание трудов Голубинского вызвало не только интерес, но и нападки. В газете «Радонеж» появились статьи, обвиняющие Голубинского в искажении истории, а его издателей – в нанесении вреда церкви. Архимандрит Тихон, выпускающий в Сретенском монастыре репринтом массу дореволюционной литературы, заговорил о необходимости духовной цензуры. С другой стороны, в научных публикациях личность и вклад выдающегося историка церкви оцениваются самым положительным образом19.

Предлагаемую вниманию читателя неопубликованную главу «Истории Русской Церкви» Е. Е. Голубинского нам удалось обнаружить в фонде Белокурова в Российском государственном архиве древних актов. В описи дела глава была неверно определена как статья «Монашество». Там же находится и послесловие Белокурова, к сожалению, незаконченное. Кроме того, Белокуров смог подготовить к изданию и подборку набросков Голубинского, посвященных нравственному состоянию общества.