Завершение территориального объединения Северо-Восточной Руси превратило Московское княжество в национальное великорусское государство с единой военной и административной системой. Великий князь не позволял боярам и высшим церковникам иметь в распоряжении много дворян, получавших земли за служебную должность в армии или в администрации от самого князя. Великий князь и цари «всея Руси» разделяли свою власть с боярской аристократией в высшем совещательном органе централизованного государства – Боярской думе, куда кроме бояр московского князя входили бывшие удельные князья и их бояре. Василий II и Иван III начали строить новую профессиональную администрацию из дворян-дьяков, а командный состав – из дворян: оружничих, окольничих и др. В первой половине XVII в. в Думе появились думные дворяне и думные дьяки. За особые заслуги дворянин мог получить боярский чин, а потомки отличившихся на государевой службе имели преимущества при назначении на посты воевод (полководцев и наместников в городах). Так закрепилась в России система местничества, когда успех или промах одного представителя рода влиял на шансы всех его сородичей. На системе местничества основывался порядок прохождения службы. Назначение на должности зависело от заслуженности рода. Если один человек занимал должность на несколько ступеней ниже другого по служебной лестнице, то такое же расстояние сохранялось между их сыновьями, племянниками, внуками и т. д. Человек не мог принять «невместное» (недостаточно почетное) назначение, так как причинил бы этим урон всему своему роду. Местничество было особенно выгодно нетитулованному старомосковскому боярству, которое гордилось и знатностью, и заслугами на службе московским князьям. Но местничество не могло не препятствовать продвижению по службе способных, но незнатных людей. Особенно неблагоприятно сказывались местнические споры на делах, совершаемых на дипломатическом поприще и во время военных походов. Поэтому Иван Грозный отменил местнические счеты на время войны, когда интересы дела требовали замещения должности по другим принципам.

Постепенно выросла система дворцовых учреждений, ведавших великокняжеским хозяйством, дворцовыми землями. До середины XVI в. существовало только два общегосударственных ведомства: Государева Казна и Государев Дворец. Казна являлась одновременно государственной канцелярией. Она ведала также сношениями с другими государствами. Казначея – главу Казны – иностранцы именовали канцлером.

Дворец управлял имуществом великого князя, прежде всего – землями. С присоединением новых земель создавались новые дворцы: нижегородский, тверской и т. д. Существование отдельных учреждений для управления различными территориями было пережитком раздробленности. Отраслевое – приказное – управление стало складываться лишь в середине XVI в.

При Василии III появились центральные правительственные учреждения общерусского характера, которые ведали отдельными отраслями управления на всех землях государства, – избы, а позднее – приказы. Во главе избы стоял боярин, но главным лицом становились дьяки, управляющие канцелярией, и их помощники, которые формировались из среды служилого дворянства.

В административном отношении основная территория Русского государства делилась на уезды, а последние – на волости и станы. Общее управление на местах было сосредоточено у наместников и волостелей. Основу местного управления составляла система кормлений. Уездом управлял наместник, волостью – волостель. Они не получали жалованья за свою управленческую и судебную деятельность. Сама эта деятельность была лишь дополнением к главному – к праву получать «кормление», т. е. собирать в свою пользу часть налогов и судебные пошлины – «присуд». Они являлись судьями, сборщиками доходов князей и военными начальниками города и уезда, «кормясь за счет населения». Кормление давалось, как правило, в награду за прежнюю службу. Первоначально система кормлений соответствовала объединительным тенденциям в складывающемся Российском государстве. Московские служилые люди были заинтересованы в расширении московских владений, поскольку возрастали и число, и площадь кормлений. Но система кормлений несла в себе и предпосылки своего будущего ограничения. Управление как таковое оказывалось для кормленщиков только обременительным придатком к получению «корма». Поэтому свои обязанности они исполняли плохо, подчас передоверяли их своим служилым людям, нередко низкого социального статуса: холопам. Это подрывало статус властных структур в глазах населения, приводило к злоупотреблениям. К тому же и в получении кормлений не было порядка. Такая система местного управления не соответствовала задачам централизации. Кормления, ничем не ограниченные сначала, в дальнейшем были нормированы, а позднее отменены.