Большую роль в управлении государством играла Боярская дума – совет феодальной знати при великом князе. Бояре занимали руководящие должности в армии и государственном аппарате. Они возглавляли полки в походах, судили споры из-за земли, выполняли дипломатические поручения.
С выделением великокняжеских земель из государственных сформировалось управление ими во главе с дворецкими.
Сбором налогов, хранением государственных денег и ценностей занималась Казна. Казна также выполняла функции великокняжеской канцелярии. Во главе Казны стоял казначей.
По мере включения в состав единого государства последних самостоятельных и полусамостоятельных княжеств создавались центральные органы управления этими территориями во главе с особыми дворецкими. Отдельными отраслями управления ведали приказы, руководителями которых назначались бояре.
На рубеже XV – XVI вв. всё большую роль в управлении государством начинают играть дьяки – чиновники. Из дьяков состоял аппарат Боярской думы, Казны, приказов и дворцовых учреждений. Дьяки были реальными исполнителями государевой воли. Постепенно специализируясь на выполнении определённых функций (финансовых, дипломатических, военных, почтовых и прочих) они подготавливали создание органов управления с функциональным, а не территориальным распределением дел.
По социальному происхождению дьяки не принадлежали к знати, а были выходцами из духовенства, низов служилых людей и простого народа. Их благополучие основывалось исключительно на государственной службе.
Управление и суд в провинции осуществляли наместники. Наместники не получали денег от государя за службу, но получали право сбора различных поборов в свою пользу («кормов»). Наместники-кормленщики происходили из феодальной аристократии и служилых людей. Власть наместников определялась Судебником 1497 г., уставными грамотами, которые выдавал местному населению великий князь, списками размеров сборов с населения, которые получали кормленщики.
Уже в то время было три большие группы крестьян, отличавшихся по тому, кому они платили налоги и в чью пользу выполняли другие повинности.
Первая группа – это чёрные, т.е. государственные крестьяне, которые в административном, полицейском и судебном отношении подчинялись местным государственным властям – наместникам и их помощникам. Чёрные (или черносошные) крестьяне платили подати и выполняли натуральные повинности в пользу государства.
Вторая группа – это дворцовые крестьяне. Эти крестьяне принадлежали великому князю и его семье. Дворцовые крестьяне производили продовольствие для великокняжеского двора.
Третья группа – это частновладельческие крестьяне. Эти крестьяне принадлежали феодалам и были обязаны платить своим хозяевам плату в виде денег, продовольствия и работать на них.
Крестьяне всех групп ещё имели широкие права на землю, вплоть до права её продажи (особенно чёрные), обладали гражданскими правами, в том числе правом перехода от одного хозяина к другому или переселения на неосвоенные земли. Все крестьяне также могли участвовать в суде, особенно по спорам из-за земли. Государство, великий князь, частные феодалы имели право собственности на землю, на которой жили крестьяне, а не на них самих.
К концу XV в. экономическое и социальное положение крестьян постепенно ухудшалось. Очень выросли государственные повинности. Земли чёрных и дворцовых крестьян всё чаще переходили к феодалам. Крестьяне стали всё чаще отказываться выполнять повинности, платить налоги, без разрешения уходить на новые земли. Переходы и побеги крестьян продолжались и в XVI в. по тем же причинам.