Значительные изменения по сравнению с Русской Правдой претерпело и уголовное право, которое, как и в процессе исходило из ассоциации преступления с «лихим делом», «крамолой», «государственном убийством», т. е. проступком против государства и церкви или убийством людей. «Крамола», «лихое дело» и «подым» упоминаются в ст. 8, 9. При этом о «крамоле» говорится применительно к боярам-изменникам.

Наказанием для этих преступлений являлась, безусловно, смертная казнь. При этом государство имело свой имущественный интерес, т. к. собственность казненного конфисковалась. Смертная казнь носила также назидательный характер. В некоторых случаях (напр., ст. 8, 9, 13, 39) подразумевалась выплата истцу ущерба из оставшегося имущества казненного. Исполнение наказания смертной казнью возлагалось на великокняжеского тиуна или дворского.

Судебник вообще говорит об ужесточении наказаний. Если в Двинской грамоте 1347 г. смертная казнь устанавливалась за третье воровство, а в ст. 8 Псковской судной грамоты возможно за второе и обязательно за третье воровство, то спустя 100 лет это наказание обязательно предусматривалось за вторичное совершение воровства (ст. 11).

Репрессивность великокняжеского законодательства проявлялась также в применении за неквалифицированное воровство наряду с выплатой иска и пошлины (существующей и в Русской Правде) торговой казни, членовредительства и продажей в холопство (напр., ст. 10).

Ужесточение наказаний за уголовные преступления интерпретируется по-разному. С одной стороны, можно говорить об ужесточении господствующим классом эксплуатации. В другой интерпретации ужесточение связано с влиянием на русское право более жестокого восточного законодательства. Несомненно также, что формирование Русского централизованного государства сделало актуальным жесткие меры за преступления против институтов этого государства.

Судебник Ивана III был итогом серьезной работы юристов XV в. и составлен как практическое руководство для судей. Среди авторов законодательства фигурируют боярин Иван Патрикеев и дьяк Владимир Гусев. В основном, изменения коснулись процессуального и уголовного права. Многие статьи законодательства говорят о суде и процессуальном праве (см., напр., ст. 1–3, 6–7, 19, 27, 37–38, 48, 67). Если «Суд Ярослава Владимировича. Русский закон» говорит о суде в общем, то Судебник основывается на более совершенном Новгородском законодательстве, которое уже разделяет компетенции судебной власти архиепископа, посадника и князя, знает судебные инстанции и структурируется на управы. Других равнозначных по уровню развития источников, вошедших в Судебник 1497 г., мы не знаем, следовательно, можно полагать, что структура суда при Иване III перешла из Новгородской судной грамоты. В частности, Судебник знает два вида суда: высший и низший.

Высший суд состоял из трех инстанций.

1. Суд высшей инстанции возглавлялся председателем боярской думы в присутствии бояр и высших судей – окольничих и дьяков (ст. 1). Решения этого суда были окончательными и обжалованию не подлежали.

2. Боярский суд, который должен был докладывать дело великому князю. За князем в этом суде было окончательное решение.

3. Суд по особым делам под председательством боярина. Решения этого суда могли обжаловаться в судах высших (здесь – первой и второй) инстанций.

Низший суд в регионах (уездах и волостях), разделенных на губы – судебные округа – проводился под председательством наместников и волостелей судьями (тиунами). Этот суд был состязательным, в нем принимали участие представители местных общин. (В общем, процесс здесь походил на аналогичный в Белозерской грамоте 1488 г. (ст. 37, 38 Судебника)). Решение этого суда было предварительным, – его можно было обжаловать в суде высшей инстанции (см. ст. 43).