После похорон Джема султан Баязид наконец-то вздохнул спокойно, но этот эпизод в османской истории примечателен тем, что предвещал перемены в османской дипломатии в отношении христианских государств. В отличие от дипломатических соглашений прошлого, когда одно государство было посредником в отношениях с османами от лица всех, чьи интересы были затронуты, переговоры по поводу заключения Джема велись с каждым государством в отдельности. Баязид мог использовать соперничество между ними, и с середины 80-х годов XIV века прямые двусторонние отношения с европейскими государствами стали перевешивать соглашения прошлого. В этот период были впервые отправлены османские послы к европейским дворам – во Францию в 1483 году, в Московское княжество в 1495 году и в Священную Римскую империю в 1496–1497 годах. Хотя и христианские, и мусульманское государства описывают свои отношения как стабильно враждебные, одиссея Джема показала степень, до которой политическая целесообразность, а не религиозная идеология определяла их позиции. Для всех было очевидно, что король Франции Карл VIII представляет собой более непосредственную угрозу миру в Италии, чем Османская империя, и османы умело использовали ситуацию.

Годы, в течение которых Баязид был обеспокоен судьбой Джема, также показали, что, несмотря на выдающиеся достижения Мехмеда II, целостность Османской империи нельзя принимать как данность. Отъезд Джема на Родос в июле 1482 года дал султану Баязиду некоторую передышку от беспорядков внутри страны. Принц Карамана Касым, у которого были общие интересы с Джемом, добивался прощения султана и взамен отказа от претензий на независимость был назначен правителем провинции Ичель (ориентировочно Киликия) на юге Малой Азии, бывшей частью эмирата Караман. Будучи уже пожилым человеком, он скончался в 1483 году. Теперь Караманом можно было управлять как неотъемлемой частью османских владений, но ситуация оставалась напряженной. Даже в 1500 году Баязид был вынужден послать войска, чтобы победить еще одного претендента на Караман, племянника Касыма Мустафу, который прибыл из Ирана с армией для поддержки местного восстания.

В соперничестве за лояльность тюрко-огузского племенного населения, проживающего в буферных землях между мамлюками и османами, султан Вахид-бей устоял перед соблазном использовать Джема, но период, который Джем провел под защитой мамлюкского султана в 1481 году, был предвестием будущего столкновения. Помимо караманидских племен, теперь хотя бы номинально османских, пусть и недовольных, существовали все еще независимые эмираты династий Дулкадироглу и Рамазаноглу, контролировавшие территории с неустойчивыми границами из своих центров в Эльбистане и Адане соответственно и полагавшиеся то на поддержку мамлюков, то на османов для продления своих полномочий.

Первая турецко-мамлюкская война началась в 1485 году, когда с благословения своего зятя Баязида Алаюддевле из Дулкадира осадил мамлюкский город Малатью, расположенный к западу от Евфрата на юго-востоке Малой Азии. Баязид послал подкрепление Алаюддевле, когда мамлюки ответили на агрессию; мамлюки были разбиты, но добились победы в следующем столкновении вскоре после этого. Летом 1485 года правитель мамлюков старался изо всех сил уязвить Баязида, конфисковав подарки, посланные ему шахом Декана (на полуострове Индостан), когда их везли по мамлюкской территории. Летом 1485 года Баязид послал армию под командованием нового правителя Карамана Карагёза («Черноглазый») Мехмед-паши против тюрко-огузских племен Тургулду и Варсак, оказывавших самое ожесточенное сопротивление османскому присоединению Карамана и предоставивших воинов для армии Джема в его попытке пробиться в Стамбул в 1481 году. Карагёз Мехмед захватил крепости области Тарс-Адана, чье стратегическое положение, позволявшее контролировать пути из Малой Азии в Сирию, заслужило им эпитет «ключ к арабским землям».