Евреям из Испании, называемым сефардами, повезло меньше. Они находились под давлением задолго до начала инквизиции, и многие обратились в католичество. Тем не менее инквизиция не доверяла искренности новообращенных, и многие не выдержали испытания и были убиты. Исповедовавшие иудаизм были высланы из страны в 1492 году и эмигрировали в Португалию, Францию и другие европейские страны. Многие отправились жить в Османскую империю, где присоединились к грекоговорящим евреям, называвшимся романиотами, и немецким евреям, называвшимся ашкенази, также высланными из своих стран. Как сообщают, султан Баязид приветствовал испанских евреев следующим высказыванием: «Можно ли назвать такого короля [т. е. Фердинанда] мудрым и благоразумным? Он обедняет свою страну и делает богаче мою империю». Самая многочисленная волна еврейской иммиграции на османские земли происходила между 1492 и 1512 годом и была вызвана преследованиями, распространившимися в этот период по всей Европе. Баязид хотел, чтобы беженцы сосредоточивались в провинциальных центрах, и вскоре общины сефардов были во многих городах империи. Однако их появление не приветствовалось в Стамбуле, и новые синагоги в столице были закрыты, а известных евреев поощряли к принятию ислама.

Равновесие, установившееся в 1490 году благодаря соглашению, заключенному между Иннокентием VIII и Баязидом по поводу Джема, не продлилось долго. Османский претендент был использован в качестве залога в европейской политике, когда Карл VIII попытался доказать свои притязания на Неаполитанское королевство. В 1492 году Иннокентия сменил Александр VI, и у нового папы была настоятельная необходимость поддерживать соглашение с Баязидом, которому он написал о планах французского короля:

«…король Франции спешит к Риму с несметной сухопутной и морской силой, при поддержке миланцев, бретонцев, португальцев, норманнов и других, чтобы вырвать из наших рук султана Джема, брата Его Величества, и захватить Неаполитанское королевство и занять место короля Альфонсо».

Ответ Баязида папе, посланный в Рим вместе с деньгами на содержание Джема, был перехвачен и предан огласке – документ, изобличающий папу как союзника врага христианского мира. Карл, бывший во Флоренции, двинулся на юг через Италию и подошел к напуганному Риму в последний день 1494 года. Он потребовал, чтобы ему выдали Джема. Папа Александр был вынужден уступить. Джем был надлежащим образом переведен в заключение к Карлу и отправился к Неаполю вместе с королевской армией.

Король Неаполя Альфонсо, преемник короля Ферранте, обратился к Баязиду за помощью. По сведениям венецианского писателя того времени, султан по-настоящему испугался, что Карл может привезти Джема на Балканы и поднять жителей этих областей: османский посол в Венеции писал, что французский король рассчитывал на поддержку лишенных наследства наследников знатных домов Византии и Сербии, а также на клан Скандербега Кастриота. Султан усилил защиту Дарданелл и привел флот в состояние готовности. В Стамбуле, где он инспектировал стены и руководил расстановкой пушек для защиты города, началась паника.

Джем скончался через два дня после того, как Карл и его армия подошли к Неаполю, в ночь с 24 на 25 февраля 1495 года в возрасте 36 лет, проведя в ссылке 13 лет. Были слухи, что он умер от яда, но, похоже, он скончался от естественных причин. Даже в смерти он не обрел покой. Баязид прислал гонца с требованием отправить тело к нему в обмен на остальные христианские реликвии, бывшие в его владении: без тела, говорил он, у него нет доказательств кончины Джема. Карл перевез тело в неприступную крепость Гаэта, расположенную на побережье к северу от Неаполя, и когда в ноябре 1496 года французы уходили из Гаэты, гроб был передан принцу Фредерику Неаполитанскому в обмен на французских пленных, находившихся в руках неаполитанцев. Неаполь нуждался в помощи султана против своих врагов, а Баязид угрожал аннулировать мир между ними, если Неаполь не отправит тело в Стамбул. Дальнейшие переговоры увенчались успехом, и к началу 1499 года останки Джема были на пути в Стамбул, пересекая Адриатическое море из Сан-Катальдо на пятке итальянского сапога во Влёру на побережье Албании. Оттуда тело было привезено домой, очевидно морем, встречено с большой помпой в Гелиболу и привезено в Бурсу. Здесь Джем был наконец погребен рядом со своим старшим братом Мустафой в усыпальнице его деда султана Мурада II. Его могилу можно посетить до сих пор. Удивительная история жизни Джема поражала воображение писателей, как на Западе, так и на Востоке, и до наших дней продолжает служить источником вдохновения. Он изображается трагической личностью эпического масштаба, настоящим ренессансным принцем, образованным и талантливым, автором высоко оцененной поэзии, который слишком поздно осознал безрассудность своих политических амбиций, чтобы спастись от пышного плена и загадочной смерти.