Все конфедераты проходили через Тобольск, откуда их направляли в основном в казачьи отряды по всей Сибири, а также использовали для строительства крепостей, административных зданий и укреплений. Отсюда возникло, пожалуй, слишком преувеличенное мнение, что благодаря им был построен Тобольск. В Тобольске, где в это время было 600 ссыльных конфедератов, губернатор Денис Иванович Чичерин организовал из поляков оркестр. Он также по обычаю, имеющему полтора века, уговаривал польских пленных, чтобы они перешли в православие на царскую службу. Ввиду решительного отказа они были морены голодом и наказаны кнутом, после чего их включили в казачьи полки в Тобольске, Таре, Тюмени и других местах. Судьбы этой группы конфедератов описывает Кароль Любич Хоецкий, взятый в неволю в Кракове на Вавеле. Сам он, сосланный в Тобольск и включенный в полк драгунов, принимал участие в подавлении восстания Е. Пугачева в 1773 г., а стало быть, должен был получить свободу после издания Екатериной II указа об амнистии для конфедератов. Однако перед тем как эта информация дошла до Тобольска, губернатор Д.И. Чичерин сформировал из польских конфедератов 3 роты пехоты и эскадрон гусар, которых направили в Туринск, Тюмень и Красноярск.20 О самом губернаторе Чичерине, который даже немного говорил по-польски, есть только два благожелательных отзыва – Любича Хоецкого и Беневского, который называет его «настоящим отцом». Рошко справедливо утверждает, что Беневский слишком недолго находился в Тобольске, чтобы узнать настоящее обличие сибирского сатрапа. Хоецкий сдержанно подтверждает, что был он добрым для тех, кто присягнул на верность. Он приглашал польских ссыльных на обеды, предлагал участвовать в театральных представлениях, покупал им для этого костюмы и приходил на представления с дочкой.21 Целью этого было умиротворение поляков, и, тем самым, приобретение спокойствия для себя. В это же время те, которые отказались от присяги, также как Павел Скрелевский, Михал Милевский и Войчех Тенчинский, были публично, перед шеренгами войска и конфедератов, на площади подвергнуты наказанию розгами, а после излечения присоединены к военной службе. Партия Хоецкого после короткого пребывания в Тобольске была объединена со 130 конфедератами и направлена в Тару, где их принял комендант города, «человек непередаваемо любезный, нашим же польским языком так хорошо говорил, как коренной наш поляк лучше говорить не может».22

Часть конфедератов была направлена дальше, до Иркутска, но представляется, что большинство осталось на территории Тобольской губернии. Здесь, силой принужденные к военной присяге, были они включены в военные батальоны и направлены на борьбу с повстанцами Е. Пугачева. У Пугачева находилась и какая-то часть конфедератов, вероятно, беглецов или взятых в неволю. Из тобольского войска там были Марчин Вежбицкий, 28 лет, и Васыль Барановский, 25 лет (оба из Варшавы).23

После битв с Пугачевым и известия об амнистии, несколько сотен поляков из Тобольского гарнизона потребовало у губернатора освобождения. После обещания помилования они отдали оружие, но были арестованы и заключены в тюрьму. Согласно сведениям Хоецкого, семь человек, признанных предводителями «бунта поляков в 1773 г.», были прикованы к столбу и наказаны 800 ударами розог, на лбу у них было выжжено клеймо, вырваны ноздри. Закованные в кандалы, они были отправлены в вечную ссылку. К сожалению, Хоецкий не назвал фамилий этих мучеников за Веру и Польшу. Остальные конфедераты были разосланы в казачьи полки. Согласно другим свидетельствам, губернатор отдал приказ стрелять по взбунтовавшимся полякам, которых погребли под крутым берегом Иртыша, названного с тех пор «Панским бугром».