Приступив к исполнению своих обязанностей в столице Испании, Медина поспешил осуществить свою давнишнюю мечту: посетить замок в селении Симанкас, неподалёку от Вальядолида, который по распоряжению испанского короля Карла V в 1540 г. был превращён в хранилище государственных документов, в том числе касающихся управления американскими колониями.

В момент посещения симанкасского архива Мединой его 51 зал был забит десятками тысяч различных папок с документами. Разобраться в этом хозяйстве было довольно трудно, так как не имелось никаких описей. Но это не обескуражило пытливого чилийского учёного, который, забыв о своих дипломатических обязанностях, в течение многих недель рылся в древних рукописях.

Старания Медины увенчались заслуженным успехом. В одном из подвальных помещений, тёмном и сыром, именуемом «Колодцем епископа», он неожиданно натолкнулся на архив колониальной инквизиции, надежды обнаружить который уже давно потеряли учёные. Но передадим слово самому Медине: «Когда в конце 1884 г. я переступил порог монументального архива, расположенного в небольшой деревушке Симанкас, мне и в голову не пришло, что именно там хранятся бумаги трибуналов американской инквизиции или что когда-либо я займусь подобной темой. Тем не менее я начал просматривать эти бумаги, в надежде обнаружить некоторые важные факты, относящиеся к колониальной истории Чили… Изучая их, я все больше и больше убеждался в том, что эти документы представляют огромный интерес для познания жизни американских народов, находившихся под властью метрополии. Одновременно я убедился, что всё написанное до тех пор об инквизиции не соответствовало богатству обнаруженных там документов, интерес и значение которых выходили далеко за пределы самой темы»[96].

Два года работал Медина в симанкасском архиве, проделав в буквальном смысле титаническую работу: он собственноручно снял копии с тысяч документов. Собранный им материал образует 65 больших томов, хранящихся теперь в национальном архиве в Сантьяго (Чили). Вернувшись с этим драгоценным багажом на родину, учёный не покладая рук трудился над написанием истории инквизиции в Испанской Америке. О феноменальной работоспособности Медины свидетельствует тот факт, что в 1887 г., всего лишь год спустя после своего возвращения в Чили, он издаёт большой двухтомник, посвящённый истории трибунала инквизиции в Перу. В 1890 г. следует двухтомник «История священного трибунала инквизиции в Чили». В 1899 г. одновременно выходят три исследования о деятельности трибунала инквизиции в Картахене, вице-королевстве Ла-Плата и на Филиппинах. В 1905 г. Медина издаёт двухтомник по истории инквизиции в Мексике, и, наконец, в 1914 г. выходит в свет его последняя работа – «Ранняя американская инквизиция (1493–1569)».

В этих трудах, непревзойдённых по сей день по охвату документального материала, впервые была раскрыта во всех подробностях преступная деятельность инквизиции в американских колониях Испании. Медина придерживается «объективистского» метода изложения материала. Как правило, он воздерживается от каких-либо выводов и обвинений по адресу церковной иерархии и испанских колониальных властей, он воспроизводит судебные дела, протоколы допросов и пыток, приговоры «священного» трибунала, официальные сообщения об аутодафе и прочие документы из архивов инквизиции, предоставляя самому читателю делать соответствующие выводы. Такой метод подачи материала вполне оправдал себя, ибо лишил возможности церковников и клерикалов обвинять учёного в стремлении «опорочить» церковь и колониальные власти (X. Т. Медина был исключительно плодовитым учёным. Его перу принадлежат свыше 300 книг и брошюр и свыше 500 статей. Собранная им уникальная библиотека в 40 тыс. томов была им подарена государству, которому он также завещал и своё собрание документов по истории инквизиции.)