После изгнания испанских колонизаторов и образования независимых латиноамериканских государств в течение многих десятилетий эти преступления оставались нераскрытыми. Причины тому были разные. Хотя испанцы и были изгнаны, они не отказались от надежды вернуться в свои колонии. Поэтому патриоты, опасаясь реставрации, во многих местах уничтожили архивы трибунала.

Инквизиторы в свою очередь, страшась заслуженной кары со стороны патриотов, в период войны за независимость прятали и уничтожали компрометирующие их документы. Многие документы были расхищены или пропали во время многочисленных иностранных интервенций и гражданских войн, а также в результате пожаров и землетрясений. Погибли ценные архивы инквизиции в Картахене (современная Колумбия) во время стодневной осады этого города испанскими карателями во главе с маршалом Морильо в 1815 г. Американские оккупанты, разграбившие столицу Мексики в 1848 г., утащили с собой немало ценных исторических документов, в том числе и касающихся деятельности инквизиции. Известно, что священник Фишер, личный исповедник императора Максимилиана (1864–1867), во время французской интервенции в Мексику вывез во Францию и Ватикан большое количество документов. 12 ящиков с документами инквизиции, принадлежавшие американскому полковнику Дэйвиду Фергюссону, проживавшему в Мексике, погибли в огне в 1888 г. Ценные архивные бумаги были утрачены во время чилийско-перуанской войны.

В начале XX столетия многие инквизиционные дела были выкрадены американскими спекулянтами в Мексике и проданы за большие деньги частным лицам в США. «Покупка и продажа оригинальных мексиканских исторических документов, – отмечает американский историк Сеймур Б. Либман, – стала прибыльным бизнесом. Некоторых людей это толкнуло на кражу материалов из Национального архива Мексики, а других – на контрабандную переброску их из Мексики в нарушение законов»[93].

Хотя часть документов, относящихся к деятельности колониальной инквизиции, сохранилась в архивах латиноамериканских стран[94], главный её архив, хранившийся в Испании, до последней четверти XIX в. считался утерянным.

Со второй половины XIX века, когда дело независимости стран Латинской Америки упрочилось и политическое положение в некоторых республиках несколько стабилизировалось, начинают появляться первые работы латиноамериканских исследователей по истории колониальной инквизиции.

В 1863 г. одновременно были опубликованы две такие работы. Первая из них под названием «Анналы инквизиции в Лиме» принадлежит перу Рикардо Пальме (1833–1919) – передовому перуанскому публицисту и писателю. Это произведение выдержало много изданий и постоянно дополнялось автором. Оно переиздаётся и в наше время как часть популярных исторических очерков автора, объединённых единым названием «Перуанские традиции». Автор второй работы – «Чем была инквизиция в Чили» – чилийский либеральный историк Бенхамин Викунья Маккенна опубликовал её в журнале «Ревиста де Буэнос-Айрес». Несколько лет спустя, в 1868 г., этот же историк опубликовал в Вальпараисо исследование, посвящённое Франсиско Мойену, одной из жертв «священного» трибунала в Лиме[95].

Однако эти и следовавшие за ними работы носили фрагментарный и популярный характер. И не удивительно – их авторам были недоступны исчезнувшие архивы колониальной инквизиции, а ведь только по ним можно было восстановить деятельность «священного» трибунала. Неизвестно, как долго его преступления оставались бы нераскрытыми, если бы не счастливый случай.

В 1883 г. после 17-летнего перерыва были восстановлены дипломатические отношения между Чили и Испанией. Секретарём чилийской миссии в Мадриде был назначен молодой и весьма плодовитый историк Хосе Торибио Медина (1852–1930), автор трёхтомной истории колониальной литературы в Чили и других исследований.