Обретение Москвой лидерства среди русских княжеств, независимости от ордынских ханов (1480), а захват Казанского и Астраханского ханств не был актом религиозной войны, а эти события представляли собой проявление типично имперской средневековой политики, определявшейся стремлением приобрести новые территории и новых подданных. Взятие Казани (1552) и Астрахани (1556) означало в этом контексте не только включение означенных территорий в состав Российского государства, но и признание московского государя Ивана Грозного законным правителем почти всей территории бывшей Золотой Орды. Мусульманские династии формировавшиеся в ходе распада Золотой Орды, признавали московских правителей законными преемниками власти в этом некогда могущественном государстве, ибо только Золотая Орда ранее именовалась «Великим улусом». Входящий тогда же в обращение титул «Белый царь» являлся признанием преемственности власти московского государя от ранее правивших в Сарае ханов Белой Орды улуса Джучи (старшего сына Чингисхана) – белый цвет у кочевников символизировал запад, а указанный титул фигурировал главным образом в отношениях московского государства с народами Востока. Московские цари не отказывались даже от ряда важных внешних символов своей власти, имевших восточное происхождение. Например, вплоть до конца XVII в. московские великие князья и цари вели переписку с мусульманскими государями с соблюдением ордынских «протокольных» традиций, т. е. с использованием официального стиля и формул, присущих парадно – канцелярскому делопроизводству Золотой Орды. Направлявшиеся владыкам исламских стран грамоты вплоть до начала XVIII века украшались не изображением двуглавого орла, а особым каллиграфическим знаком – тугрой, заимствованной у ханов.

Кроме того, монголо-татары старались открыто не посягать на духовный образ жизни русских людей, и прежде всего на их православную веру, хотя и разрушали церкви. В какой – то мере они были терпимы к любой вере, и у себя в Золотой Орде не мешали отправлению любых религиозных обрядов.

После смерти в 1533 г. Василия III на великокняжеский престол вступил его трехлетний сын Иван IV (1530 – 1584). Государством фактически управляла его мать, Елена Глинская. И в этот период не прекращалась борьба за власть между боярскими группировками, что привело к ослаблению центральной власти. Обострение внутриполитической обстановки требовало поиска выхода из такого положения. По предложению различных групп бояр при Иване IV было создано в 1547 г. новое правительство-Избранная рада. В нее входили наиболее близкие к царю советники, занимавшиеся важнейшими делами государственного управления. Возглавлял раду А.Ф. Адашев (?~1561), происходивший из богатого, но не очень знатного рода. Участвовали в работе Избранной рады представители различных слоев господствующего класса (князья, священник, митрополит, дьяк). Рада просуществовала до 1560 г., она не была официальным государственным учреждением, но фактически в течение 13 лет управляла государством от имени царя. Некоторые историки считают, что время правления рады было самым демократичным периодом царствования Ивана IV. Преобразования, которые проводила Избранная рада, получили название реформ середины XVI в. Реформы Ивана IV затронули прежде всего аппарат государственного управления, как центральный, так и местный. Были изменены налоговая система, порядок сбора торговых пошлин.

Окончательный удар по феодальной вотчине Иван Грозный нанес в 1565 г., учредив опричнину. Из общего государственного земельного фонда были выделены обширные территории, составлявшие особый удел, доходы с которых должны были поступать в государеву казну. Вся остальная территория составляла земщину, оставшуюся в управлении старых учреждений. Эта реформа была аграрным переворотом середины XVI в.; её суть – перераспределение земель бояр в пользу дворянства; ликвидация независимости крупного феодально-вотчинного княжеского землевладения и укрепление центральной власти. Опричнина сыграла большую роль в усилении экономической мощи царя. Однако опричный террор наносил беспощадные удары не только по боярской и княжеской знати, но и по всему населению. Будучи мощной военно – карательный силой царя, опричнина скоро вызвала озлобление против него во всех слоях населения. Царь вынужден был отказаться от опричнины (1572).