Система преступлений по Соборному уложению явно демонстрирует приоритеты феодального государства, которое на первое место ставило защиту интересов церкви, государства, существующего социально-экономического строя и только после этого интересы частных лиц.

К числу преступлений против религии и церкви относились богохульство, «чернокнижие», колдовство, совращение в другую веру и др. К государственным преступлениям относились деяния, направленные против особы государя, измена, заговор, бунт и др., которые охватывались понятием «слово и дело государево».

Против частных лиц самым тяжким преступлением было убийство. Среди них выделялись квалифицированные преступления: убийство слугой своего господина; убийство родителей и мужа.

Предусматривались преступления, заключающиеся в оскорблении чести словом, наказанием за это был штраф («бесчестье»). Величина этого штрафа зависела от социального статуса оскорбленного. Среди имущественных преступлений выделялись разбой, грабеж и татьба (кража).

Целью наказания по Судебнику наряду с возмездием и извлечением имущественной выгоды являлось устрашение. В Соборном уложении в ряде статей после описания наказаний за совершенные преступления часто приводилась формула: «чтоб иным на то смотря, не повадно было так делать».

В Судебниках в качестве наказаний предусматривались: смертная казнь, «торговая казнь» (битье кнутом), а также штрафы. Смертной казнью карались «государский убойца» (убийца своего господина), «коромольник», церковный вор, «головной вор» (похититель людей), «подметчик» (подбрасыватель поличного для ложного обвинения в совершении преступления), поджигатель, тать за вторую кражу. Смертную казнь по Судебнику могли назначить и за «иное лихое дело», под которым понимался вред государству или существующему общественному строю.

По Соборному уложению высшей мерой наказания являлась смертная казнь, которая предусматривалась в 35 случаях. Смертная казнь подразделялась на простую и квалифицированную. Простая состояла в отсечении головы, повешении или утоплении. Квалифицированная предполагала причинение особых мучений и осуществлялась через сожжение, окапывание в землю, залитие горла расплавленным металлом, четвертование и колесование.

Телесные наказания делились на членовредительные (отнятие носа, уха, руки, глаза) и болезненные (битье кнутом, батогами, палками). В качестве наказания применялось лишение свободы, предусматривавшее заключение в тюрьму (пожизненное или на определенный срок), а также ссылку в Сибирь или окраинные города. Широко применялись имущественные наказания: штраф, конфискация, «бесчестье». Кроме того, могли применяться позорящие (лишение чести) и церковные наказания.

В Русском централизованном государстве существовали государственные и вотчинные (сеньориальные) суды. К государственным относились: Великий князь (затем царь), Боярская Дума, путные бояре, приказы, а также чины, ведавшие отдельными отраслями дворцового управления. Эти инстанции являлись центральными. На местах судебные функции осуществляли наместники и волостели. Они могли обладать правом принятия окончательного решения по делу или же ограниченным правом, при котором их решения по наиболее важным делам должны были утверждаться центральным судом.

Суд бояр и великого князя рассматривал наиболее важные дела в качестве суда первой инстанции, кроме того, он рассматривал жалобы на решения судов наместников и волостелей, то есть играл роль суда второй инстанции. После появления губных изб судебная функция на местах постепенно перешла в руки этих учреждений.