После «Нового платонизма» учение Якоба Бёме приобрело власть над Шеллингом. Уже в 1806 году в работе «Darlegung des wahren Verhältnisses der Naturphilosophie zu der verbesserten Fichteschen Lehre» (1806) он обновляет мысли теософа и восхваляет так называемых энтузиастов, которых неутоленная жажда и первоначальный энтузиазм влекли к исследованию пребывающей и живой основы всего сущего, и которым в последние столетия была оставлена подлинная глубина науки и подлинное проникновение во все части знания с его сокровенным центром, тем необучаемым и простодушным, которые возбуждали любопытство ученых, называвших себя таковыми, и были вытеснены и изгнаны высокомерием тех же ученых. «Я не стыжусь имени многих так называемых энтузиастов, но признаюсь в этом вслух и похвалюсь тем, что учился у них, как похвалялся и Лейбниц, как только смогу похвастаться этим. Мои концепции и взгляды подвергались поруганию их именем, даже когда я сам знал лишь их разветвления. Теперь я постараюсь сделать этот упрек справедливым: если я до сих пор не изучал серьезно ее труды, то отнюдь не по причине презрения, а по предосудительной небрежности, которой я не позволю себе впредь». Под влиянием Бёме доктрина Шеллинга приобрела «новую форму» в его «Исследованиях о человеческой свободе» (1809) и в» Книге о Якоби» (1812).

В «Исследованиях о человеческой свободе» рассматривается та же проблема, что и в «Философии и религии», – происхождение конечных вещей от Бога, но таким образом, что в них более определенно и эмфатически подчеркивается та ее сторона, согласно которой она является проблемой возможности зла. И Шеллинг, предполагая, что зло может быть только продуктом человеческой свободы, реальное и живое понятие которой состоит именно в том, что она есть способность добра и зла, считает это тем же самым, что и сущность человеческой свободы. Только с этой целью, по его мнению, рассматривается внутренний центр философии, ибо реальная оппозиция, о которой идет речь в философии, еще не та, корень которой он выкорчевал в своих ранних работах, – оппозиция между духом как субъективным или мыслящим и природой как объективной или существующей, – а только оппозиция между необходимостью и свободой. Объяснение, которое философия и религия давали происхождению конечности и, следовательно, зла, а также способности зла, свободы, а именно, что продукт самореализации Бога, его контр-образ, другой Абсолют, отпал от Бога, и что способность отпадения, свобода, обязательно принадлежит контр-образу с абсолютностью, которой он обладает как контр-образ Абсолюта, теперь уже не кажется ему достаточной. Ибо, подобно доктрине эманации и дуализма, которая видит принцип зла в материи, изначально противоположной Богу (см. выше с. 295), она также, кажется, делает Бога автором зла, предполагая, что Бог наделил падающий контр-образ способностью зла; но это противоречивая идея, что Бог, рассматриваемый как чистая доброта, является автором зла, пусть даже косвенно, наделив его способностью зла. Свобода должна иметь корень, независимый от Бога. Теперь он находит истинное решение проблемы в идее, что свобода, а вместе с ней зло и мир конечных вещей происходят от чего-то в Боге, что не является им самим, от существа, которое неотделимо от него, но все же отличается. Но эта идея, как он говорит, необходима и помимо того, что только на ее основе можно решить рассматриваемую проблему. Ибо следует различать сущность в той мере, в какой она существует, и сущность в той мере, в какой она является лишь основанием существования. Поскольку ничто не существует до или помимо Бога, он должен иметь основание своего существования в самом себе, как говорят все философии, за исключением того, что они говорят об этом основании как о простом понятии, не делая его чем-то реальным и действительным. Основание своего существования, которое Бог имеет в себе, первичное основание, или, скорее, не-земля, как его следует называть, не есть Бог, рассматриваемый абсолютно, то есть в той мере, в какой он существует, ибо он есть только основание его существования; он есть природа в Боге. Оно предшествует Богу, но это предшествование не следует понимать ни как перенос во времени, ни как приоритет сущности. «В круге, из которого все становится, нет противоречия в том, что то, через что Единое рождается, само снова рождается через него. Здесь нет ни первого, ни последнего, потому что все предполагает друг друга, ни одно не есть другое, но и не без другого.