Книга «Философия и религия», опубликованная в 1804 году (на год позже «Лекций об академическом обучении») и во многом написанная под влиянием неоплатонического учения, полностью соответствует новому направлению, которое можно кратко охарактеризовать как теософское. Последнее, как объясняется в ней, пытается полностью снять завесу с вопроса о происхождении конечных вещей из Абсолюта и их связи с ним, который обсуждается в «Бруно», но еще не решен до конца.

Она начинает с новых откровений об Абсолюте, которые, однако, не вполне согласуются с предыдущими, в том числе и с Бруно. Абсолют, утверждает она, абсолютно простое бытие, познаваемое интеллектуальным созерцанием, вовсе не реально, а только идеально, но равным абсолютному идеальному является вечная форма, абсолютность, которая состоит в том, что абсолютно идеальное сразу же является таковым, не выходя таким образом из своей идеальности, также и как реальное. Более подробно читатель узнает (к сожалению, не будучи просвещенным в отношении значения терминов «идеальное», «реальное», «форма»), что идеальное – это конечное первое, форма определения реального идеальным – второе, само реальное – третье, и что поэтому необходимо провести различие: во-первых, неидеальное, которое вечно витает над всей реальностью и никогда не выходит из своей вечности, – Бог; во-вторых, неидеальное, которое не может быть истинно реальным, не будучи другим абсолютом, только в другой форме; в-третьих, посредствующий элемент обоих, абсолютность или форма, которая может быть описана как самопознание. Самостоятельное самопознание, поясняется далее, есть вечное превращение чистой идеальности в реальность; Абсолют, таким образом, становится объективным не в чисто идеальном образе самого себя, а в контр-образе, который в то же время является самим собой, подлинно другим Абсолютом. Производя подлинно иное абсолютное через свое самопознание, абсолютное производит идеи, конкретные формы, в которых одно и то же тождество становится объективным, а общее, абсолютное, становится единым с конкретным таким образом, что ни последнее не отменяется первым, ни первое – первым. Другой абсолют – это первичная идея, в которой заключены все остальные идеи. Идеи, таким образом, обязательно порождаются снова тем же способом, а возникающие из них единства относятся к нему так же, как они сами относятся к первичному единому. «Весь результат этого непрерывного субъектно-объектного развертывания, которое, согласно единому первому закону формы абсолютности, идет до бесконечности, состоит в том, что весь абсолютный мир со всеми градациями существ сводится к абсолютному единству Бога, что, соответственно, в нем нет ничего подлинно конкретного, и до этого момента нет ничего, что не было бы абсолютной, идеальной, всецело душевной, чистой natura naturans».

В соответствии с этим, как заключает Шеллинг, тщетны все бесчисленные попытки установить преемственность между высшим принципом интеллектуального мира и конечной природой, самой старой и часто повторяемой из которых является учение об эманации, согласно которому эманации Божества теряют свое божественное совершенство в постепенной градации и удалении от первоисточника и таким образом в конечном итоге сливаются с противоположностью, материей. Недопустимость этих попыток очевидна еще и потому, что они делают Бога автором зла; то же самое относится и к тем, кто приписывает Богу субстанцию без правил и порядка, которая порождает вещи после того, как она пропитана их архетипами, ибо материя, ничто, сама по себе не имеет абсолютно никакого положительного характера и становится принципом зла только после того, как отражение добра вступает с ней в конфликт. «Не существует непрерывного перехода от абсолютного к реальному; происхождение мира чувств мыслимо только как полный отрыв от абсолютного, как скачок. Если бы философия могла положительно вывести происхождение реальных вещей из Абсолюта, то ее положительное основание должно было бы лежать в Абсолюте, но в Боге лежит основание идей, и даже идеи непосредственно порождают опять-таки только идеи, и никакое положительное воздействие, исходящее от них или от Абсолюта, не делает проводника или моста от бесконечного к конечному… Абсолют есть единственная реальная вещь; конечные вещи, напротив, не реальны; их основание, следовательно, не может заключаться в сообщении им или их субстрату реальности…, оно может заключаться только в отдалении, в отпадении от Абсолюта.