Как и Бруно, «Лекции о методе научного исследования» также предполагают, в отличие от более ранних работ, что Абсолют или Бог – это не совокупность конечных вещей, ставших реальными, вселенная, но что она связана с ней только посредством Идей. В философии, говорится здесь (в лекции, посвященной естествознанию в целом), первая и необходимая цель которой – понять рождение всех вещей из Бога или Абсолюта, показано, что идеи – единственные посредники, через которые конкретные вещи могут быть в Боге. Идеи – не мертвые, а живые, первые организмы божественного самовосприятия. Как и Бог, они продуктивны, поскольку формируют свою сущность в конкретное и делают его познаваемым через индивидуальные и конкретные вещи, в себе и для себя без времени, но с точки зрения индивидуальных вещей и для них во времени. Как Абсолют становится объективным сам по себе в вечном акте познания в Идеях, так и это становится вечно действующим в природе, которая рождает индивидуальные вещи и, получив семя божественных Идей, оказывается бесконечно плодородной. Идеи, учит далее вышеупомянутое писание, ведут себя как души вещей, а те – как их тела. Идея, однако, может войти в конечную вещь, соответствующую ей как душа, только в том случае, если последняя уже заключает в себе всю бесконечность, как это происходит с самым совершенным организмом, который сам по себе является всей идеей.

Признаком нового направления в стремлении Шеллинга к дальнейшему развитию своего учения является также необходимость поставить философию в более тесную связь с религией и теологией, которая неоднократно возникает в работах, следующих за изложением излагаемой им системы философии. Особенно актуальны в этом отношении замечания о природе христианства в разделе лекций об академическом образовании, посвященном теологии, и в них особенно те, которые касаются трактовки учения о Троице. Уже в «Бруно» Шеллинг указал на то, что последняя согласуется с его идеей Абсолюта. В сущности этого Единого, говорил он, которое не было ни Единым, ни Другим из всех противоположностей, можно было бы признать вечного и невидимого Отца всего сущего; конечное действительно само по себе было равно бесконечному (реальное – идеальному, бытие – мысли), но по своей воле оно было страдающим Богом, подчиненным условиям времени; бесконечное было Духом, который был единством всех вещей. Такое же толкование он дает учению о Троице в лекциях по академической науке. Все догматы богословия, говорит он здесь, понимаются эмпирически и как таковые утверждались и оспаривались. Однако на этом основании они вовсе не были исконными и потеряли всякий смысл и значение. Особенно в отношении идеи Троицы ясно, что, если ее не понимать умозрительно, она вообще не имеет смысла. Если богословы эмпирически толкуют воплощение Бога во Христе как то, что Бог принял человеческую природу в определенный момент времени, то здесь совершенно не о чем думать, поскольку Бог вечен вне всякого времени. Высшая религиозность, выразившаяся в христианском мистицизме, считала тайну природы и воплощение Бога одним и тем же. «Примирение конечного, отпавшего от Бога через свое собственное рождение в конечность, – вот первая мысль христианства и воплощение всего его взгляда на вселенную и ее историю в идее Троицы, которая по этой самой причине абсолютно необходима в нем». Как известно, Лессинг уже пытался раскрыть философское значение этой доктрины в своей работе «Erziehung des Menschengeschlechts», и то, что он сказал об этом, возможно, самое спекулятивное, что он когда-либо писал. Но его взгляду все же не хватает связи этой идеи с историей мира, которая заключается в том, что вечный Сын Божий, рожденный от сущности Отца всего сущего, есть сама конечность, как она есть в вечном видении Бога, и которая предстает как страдающий Бог, подчиненный превратностям времени, который в вершине своего проявления, во Христе, закрывает мир конечности и открывает мир бесконечности или царствования Духа.»