Отдавая должное и фиксируя значительные положительные сдвиги в развитии историографической проблематики, внимание к теоретико-методологическим вопросам, расширение источниковой базы, Алла Ервандовна намечала и круг основных проблем, требующих как уточнения, так и дальнейшего изучения.

В теоретическом плане, важнейшим ей представлялся вопрос о связи теории и методологии с конкретными концепциями и, одновременно, вопрос о принципе разумной пропорциональности при распределении этих элементов в структуре историографического исследования.

Оценивать значение теоретико-методологических взглядов историков, безусловно, необходимо в тесной связи с их конкретно-историческими концепциями, во-первых, и с учётом места этих концепций в развитии исторической науки и в общественной жизни эпохи, во-вторых. Однако изучение теоретических и методологических представлений историков не должно быть самоцелью, поскольку, как правило, историки, да и представители исторической мысли вообще, сами не создавали философских теорий. Они служили для них необходимой основой конкретно-исторических исследований.

Вопрос о критериях оценки роли и места исторических взглядов и концепций в исторической науке тоже нуждался по её мнению, в дополнительной проработке. Прежде всего, необходимо определять то новое, с точки зрения методологии, метода, источниковедческой базы, проблематики, конкретно-исторических выводов, что изучаемая концепция вносит в науку. При этом нужно вписывать эту концепцию в предшествующую и современную ей историографическую ситуацию, что может вызывать некоторые сложности с учётом того обстоятельства, что не все компоненты исторической науки развиваются одновременно.

Не менее важным в плане исследовательской практики был вопрос о необходимости сверки представлений о структуре историографического пространства, то есть о критериях выделения течений и направлений в исторической науке и аргументах при решении вопроса о принадлежности учёного к тому или иному направлению. Так, поскольку критерием может служить то общность методологических установок историков, то отношение к политическому строю, в советской литературе анализируемого периода Алла Ервандовна фиксировала присутствие самых разнообразных определений, например, буржуазной историографии: либерально-монархическая, консервативная, умеренно-прогрессивная, умеренно-либеральная, прогрессивная, дворянско-буржуазная, кадетская и др.

Одновременно, большой перспективной задачей отечественной науки, исходя из требования полноты знания об историографическом процессе и теоретико-методологических исканиях в русской науке, она определяла преодоление диспропорции при изучении разных направлений.

Наконец, не вполне раскрытым на её взгляд оставался вопрос о кризисе исторической науки в конце ХIХ – начале ХХ века. Наиболее полно кризис может быть раскрыт при целостном рассмотрении состояния историографии указанного периода. Требовалось уточнение хронологических рамок кризиса. Но, что важнее, нуждалось в уточнении понятие кризиса не только как упадка, но и одновременно как дальнейшего развития исторической науки по целому ряду аспектов, в достижениях источниковедения, историографии, в интенсивном накоплении конкретно-исторических данных и других явлениях.

Историографические обзоры конца 90-х гг. ХХ – начала ХХI вв. были актуализированы целым рядом новых обстоятельств социально-политического и идеологического характера, определившим и радикальные изменения историографической ситуации. Вместе с тем к этому моменту постсоветской исторической наукой был накоплен некоторый опыт, который вполне поддавался научному анализу. На новом этапе внимание Аллы Ервандовны Шикло привлекали вопросы теории и методологии, и связанных с ней конкретных концепций отечественной истории, а также общее состояние историографии как научной и учебной дисциплины. В качестве объектов исследования была использована главным образом учебная литература по отечественной истории и историографии России