Алла Ервандовна обращала особое внимание на признание Иваном Дмитриевичем социального характера исторического знания, необходимости соотнесения выводов историков с проблемами современности. Она отмечала, что именно он в своём спецсеминаре поставил задачи исследования исторического сознания, исторической психологии различных социальных групп российского общества.

Такой подход лёг в основу предложенной им периодизации истории исторической науки, а также понимания кризиса науки на рубеже XIX – XX вв. «Историческую науку необходимо рассматривать, писал он, не только в связи с общественной жизнью и общественными науками, а более широко через призму понятий „общественное сознание“, „формы общественного самосознания“, то есть „общественная идеология“ и „общественная психология“. При этом необходимо, подчёркивал И.Д., изучение всех форм общественного сознания, как научного, так и иррационального. „…“ он полагал необходимым разобраться в содержании понятий „историческая мысль“, „историческая наука“, выяснить, что принято называть „философией истории“, „теорией и методологией исторического познания“. „…“ обратил внимание на необходимость изучения не только сложных проблем, которые относятся к самой исторической науке, но и на изучение различных компонентов инфраструктуры, то есть тех условий, в которых осуществляются её познавательные и социальные функции»14.

Не менее важным для Аллы Ервандовны было внимание, которое И. Д. Ковальченко уделял личности историка как познающего субъекта. «Историк всегда связан с определённой обстановкой, поставлен в определённые условия, его взгляды отражают прошлую и современную ему историографическую ситуацию. Но, с другой стороны, каждый имеет свой внутренний мир, свою индивидуальность»15.

В числе основополагающих принципов историографического исследования, которыми руководствовался И. Д. Ковальченко, она называла историзм – как в подходе к исследованию конкретных проблем, так и в отношении к оценке творчества того или иного учёного, а также признание кумулятивного характера научного исторического познания, и следовательно, недопустимость нигилизма, недооценки или вообще игнорирования того, что накоплено предшественниками, так же как и консерватизма, абсолютизации результатов имеющегося исторического знания.

Именно поэтому задолго до официальной возможности он начал знакомить студентов с религиозной философией Владимира Соловьёва, С. Н. Булгакова, привлекал внимание к философии истории, социологическим концепциям учёных конца XIX – начала XX в., «…бился в буквальном смысле слова за издание материалов по истории исторической науки, где были представлены произведения непопулярных тогда буржуазных учёных – П. Н. Милюкова, А. С. Лаппо-Данилевского.»16, а в постсоветский период резко негативно воспринимал заявления некоторых учёных о полной несостоятельности советской исторической науки и призывы отказаться от неё.

Важным качеством учёного-историка через призму метода И. Д. Ковальченко, Алла Ервандовна Шикло определяла способность признания «научного плюрализма» как учёта и использования в исследовательской практике всего того в теории и методологии обществознания, что позволяет расширить и углубить понимание сути явлений и процессов исторической реальности. Именно это, по её мнению, Иван Дмитриевич имел в виду, когда писал о необходимости синтеза теорий, подходов и методов как условии выхода из кризиса.

Наконец, очень близок ей был взгляд И. Д. Ковальченко на историографию, как дисциплину, играющую чрезвычайно важную роль в профессиональной подготовке историка, как на инструмент повышения эффективности работы исследователя, знание которой играет исключительную роль при постановке исследовательской задачи, отборе источников и методов их анализа, формулировании концепции. «Знания историографии, – говорил он студентам, – дисциплинируют учёного, требуют ясного понимания цели исследования, дают ощущение причастности даже начинающему учёному к миру науки»