Из-за такой ситуации в воеводстве Хабаров просидел в заточении более двух с половиной лет. Но сторонники Глебова уговорили его составить челобитную, в которой Ерофей Павлович описал свои злоключения и произвол Головина. Эту челобитную в числе прочих документов, доказывавших злоупотребления старшего воеводы, добровольцы привезли в Сибирский приказ и добились, чтобы её рассмотрел дьяк Григорий Протопопов. Князь Никита Иванович Одоевский, бывший первым судьёй Сибирского приказа, поручил новым ленским воеводам Василию Никитичу Пушкину и Кириллу Осиповичу Супоневу, назначенным вместо Головина и Глебова, провести расследование и доложить, правду ли написал в своей челобитной Хабаров.

Дознание и переписка заняли около двух лет. По результатам следствия Сибирский приказ признал действия Головина неправильными и предложил новым воеводам выплатить Ерофею Павловичу из казны 500 рублей в возмещение убытков. Вот только денег из Москвы не прислали на это ни копейки, а в казне воеводства и так было пусто. Так что остался Хабаров без компенсации. Да и вообще у него не сложились отношения с Пушкиным и Супоневым: тем тоже не нравился оборотистый устюжанин, который не давал себя обмануть. Ему чинили всяческие препятствия и даже попытались засудить. Но Ерофея Павловича не так-то просто было запугать.

В 1648 году в земли на реке Лене назначили нового воеводу, Дмитрия Андреевича Францбекова. В Сибирском приказе ему поставили задачу: обследовать и присоединять новые земли. Но в государстве было очень плохо с финансами. Введение налога на соль привело к расстройству всех промыслов, где она требовалась, особенно в отдалённых воеводствах. Соляной сбор пришлось отменить, а чтобы пополнить казну, правительство решило взыскать двухгодовую задолженность за отменённые ранее подати. Это так сильно ударило по ремесленникам и купцам, что в Москве летом 1648 года произошёл Соляной бунт, потрясший столицу и сильно напугавший высшие сословия. Так что Францбекову намекнули, что из государственной казни он не получит на все потребные экспедиции ни копейки.

В марте 1649 года новый воевода добрался до Илимского острога, где встретился с братьями Хабаровыми. Ерофей Павлович подал Францбекову челобитную с просьбой отпустить его на Амур для поиска новых земель и пашен. Все расходы Хабаров, наученный горьким опытом общения с Головиным, брал на себя. Но как раз это обстоятельство больше всего понравилось Дмитрию Андреевичу. Он получал возможность и государев наказ выполнить, и денег казённых на это не потратить.

Правда, вскоре Ерофей Павлович убедился, что его собственных денег после разорения, учинённого предыдущими воеводами, для амурской экспедиции недостаточно. И тогда Францбеков предложил кредитовать его в частном порядке.

Набрав охотников, Хабаров осенью 1649 года на двух дощаниках, груженных продовольствием и снаряжением, отправился вверх по реке Лене. Дойдя до устья реки Олёкма, он далее следовал по ней, пока не вышел к реке Тунгир. Так как началась зима, то пришлось поставить на берегу несколько срубов, в которых участники экспедиции дожидались установления надёжного снежного покрова, и разведывать путь к Амуру. К тому времени отряд Хабарова насчитывал 70 человек.

19 января 1650 года Ерофей Павлович с товарищами оставили Тунгирское зимовье и отправились дальше вдоль замёрзшей реки. Лодки поставили на нарты и тянули за собой. К весне добрались до реки Урка, а через десять дней увидели Амур.

В верховьях Амура тогда жили дауры. В первой половине XVII века на них часто нападали маньчжуры, уводя в плен целые племена. Поэтому дауры при первых признаках опасности оставляли свои городки и спасались бегством. Хабаров с товарищами встретили по пути три подобных брошенных городка, прежде чем увидели живых дауров.