В Мангазее Хабаровы зарегистрировались в приказной избе как "Ярофейко и Никифорко Хабаровы, устюжане, промышленные люди", уплатили в казну годовой промышленный оброк по 50 копеек с каждого. После этого пришли на таможенный двор, где с их товара, который они закупили в Великом Устюге, взяли пошлину, десять процентов от стоимости. Но вскоре оказалось, что с соболями в Мангазее уже не так хорошо, как рассказывали. Шкурок стало значительно меньше, чем раньше, да и стоили они слишком дорого, чтобы поездка окупилась. Местные жители рассказывали, что много соболей в Туруханском зимовье, но туда было непросто добраться…

Новый мангазейский воевода Андрей Фёдорович Палицын прибыл 28 августа 1629 года. Он подыскивал таможенного целовальника в Хетское зимовье. Требовался расторопный, сообразительный и грамотный человек. И воеводе приглянулся Ерофей Хабаров. Но в те времена государевы люди уже не полагались на первое впечатление, а проводили тщательную проверку кандидатов на ответственные должности. Братьев Хабаровых допросили в съезжей избе, потом собрали показания всех торговых людей, которые с ними когда-либо встречались. Лишь после этого Ерофея Павловича признали годным для такой работы. Но все дела семейной артели пришлось на время государевой службы передать брату Никифору, дабы Хабаровых не могли обвинить в коррупции.

Новый таможенный целовальник отправился на Таймыр. Там он помогал собирать ясак с местных племён. Для этого Ерофею вместе с ясачным сборщиком нужно было ездить от стойбища к стойбищу и отслеживать, чтобы перед тем, как племена начнут продавать шкурки соболей, лисиц, песцов и других пушных зверей пришлым купцам, они обязательно заплатили оговоренный ясак и таможенную пошлину. При этом необходимо было оценивать качество пушнины и собирать в казну сообразно сортам. Попутно лояльным племенам вручались подарки от государя Российского: котлы, топоры, ткани и тому подобное.

Тем временем в Мангазее началась распря между воеводами. Григорий Иванович Кокорев считался старшим, и Андрей Фёдорович Палицын его из-за этого сильно недолюбливал. После недолгого пребывания в маленьком северном городке антипатия превратилась в настоящую ненависть. Опасаясь коллеги, Палицын даже перебрался с воеводского двора в посад. Население Мангазеи постепенно разделилось на две враждующих партии. Оба воеводы вооружали своих сторонников, писали докладные в Тобольск и в Москву, жалуясь на неприятеля, а также распускали порочащие слухи. Кончилось всё тем, что между противоборствующими группировками случилась ссора, переросшая в перестрелку на улице, после которой посадские осадили воеводский двор. Дошло до того, что пустили в ход пушки. Некоторые постройки в Мангазее оказались разрушены.

Ерофей Хабаров в этом конфликте принял сторону Палицына. Он был одним из тех, кто составлял челобитную от мангазейских торговых людей, да ещё и вызвался самолично доставить её в Москву, в Приказ Казанского дворца. Документ он привёз в январе 1631 года. Это был очень смелый поступок по тем временам: челобитчика вполне могли схватить, наказать кнутами или выдать головой тому же Кокореву. Но Хабарову повезло, он остался цел и невредим.

Из столицы Ерофей Павлович отправился к жене, которая всё это время оставалась в Соли Вычегодской. Повидав ненаглядную Василису, он занял денег у местного купца, чтобы можно было накупить товаров для продажи в Сибири. В этот раз Хабаров решил отправиться на реку Лену, где вместе с братом Никифором, племянником Артемием Петриловским и другими охотниками собирался добывать соболей.