У наружной северной стены усыпальницы в 1810 г. сооружен массивный портал с аллегорической скульптурной композицией (архитектор Ж. Тома де Томон, скульптор Ж. Камберлен) – надгробие князя А. М. Белосельского-Белозерского, русского мыслителя, литератора, дипломата, коллекционера. В 1840-е гг. рядом появилось надгробие второй жены князя, Анны Григорьевны Белосельской-Белозерской, похороненной рядом с матерью, Е. И. Козицкой, и сестрой, А. Г. Лаваль. Монументальный горельеф этого надгробия у входа в Лазаревскую усыпальницу изваял И. П. Витали.

В 1835–1836 гг. происходила капитальная перестройка здания Лазаревской церкви. По заказу графа Д. Н. Шереметева архитектор Л. Я. Тиблен составил проект, который был утвержден, с некоторыми поправками, Комитетом для строений и гидравлических работ[263].

Подряд на строительные работы взял купец 3-й гильдии А. А. Дорогулин. Договор предусматривал разборку кровли и перекрытий, ломку фундаментов и перекладку стен с увеличением их высоты. Полностью изменилось архитектурное решение алтарной части с купольным сводом[264]. По существу, в результате строительных работ, завершившихся в мае 1836 г., появилось новое здание, сохранившее лишь план предыдущей постройки. В дальнейшем, при ремонтных работах 1845 и 1867 гг., изменился иконостас, подновлялась роспись сводов[265].

Захоронения в усыпальнице продолжались и во второй половине XIX в. В 1857 г. в полу была установлена великолепная надгробная плита гр. Л. А. Перовского, выполненная в технике флорентийской мозаики. Последней в усыпальнице была похоронена в 1890 г. вдова литератора и государственного деятеля пушкинского времени, «арзамасца» Д. В. Дашкова – Екатерина Васильевна.

С закрытием в 1923 г. Лазаревского кладбища усыпальница оказалась недоступна для посещения. Долгое время она служила складом различных памятников и деталей художественных надгробий, которые начиная с 1931 г. свозились сюда с других кладбищ города. В 1932 г., когда Лазаревская церковь вошла в состав Музея-некрополя, был переделан интерьер: разобрали иконостас, окрасили стены и потолок. Большинство исторических памятников остались на своих местах, но часть киотов и икон исчезла именно в это время.

В 1937 г. в Лазаревской усыпальнице пришлось разместить целый ряд новых памятников в связи с тем, что одна из наиболее значительных лаврских усыпальниц – Духовская церковь – была подвергнута вандалистскому разгрому. Несколько позже, в 1940 г., под полом Лазаревской церкви были преданы земле останки известных исторических деятелей, перенесенные из Духовской церкви. Среди них – грузинский энциклопедист Иоанн Багратиони, жена М. И. Кутузова Екатерина Ильинична, канцлер В. П. Кочубей, герой Отечественной войны 1812 г. Ф. П. Уваров, ряд друзей и знакомых А. С. Пушкина: Б. М. Хитрово, Н. К. Загряжская, Е. И. Голицына и др. Некоторые памятники в Лазаревскую усыпальницу перенесены из Федоровской лаврской церкви, Смоленской армянской, а также из католического костела в Царском Селе (г. Пушкин). Сюда был перезахоронен граф И. С. Лаваль (1761–1846), тесть декабриста князя С. П. Трубецкого, однако его надгробие так и не установили. Из восьмидесяти двух памятников, находящихся сейчас в Лазаревской усыпальнице, тридцать три перенесены из других мест.

В годы войны осколки снарядов повредили во многих местах кровлю здания[266]. Первые ремонтно-восстановительные работы начались уже в 1944 г., и через три года музейная экспозиция Лазаревской усыпальницы была впервые открыта для посещения. Исторически сложившийся к началу XX в. интерьер церкви-усыпальницы был утрачен безвозвратно. Здание приобрело иное назначение: музейного зала, в котором представлены образцы художественных надгробий XVIII–XIX вв.