В «Критике «Ек Кельме» («Одно слово»), оценивая попытки иранского просветителя и государственного деятеля Мирзы Юсиф-хан Мусташар-уд-Довле создать вариант «восточного законодательства путем объединения французской конституции и шариата, Ахундов отмечал: «Если шариат действительно является источником справедливости, то он в судебных делах должен соблюдать главную основу конституции – равноправие прав. Разве равноправие прав имеют лишь мужской пол? На каком основании шариат, опираясь на стих Корана о «хиджабе», осуждает женский пол на вечное угнетение; делает женщин несчастными на всю жизнь и лишает их жизненных благ?». Для Ахундова равноправие возможно только при законодательном признании обществом свободы личности: «Если шариат является источником справедливости, то он должен соблюдать третью заповедь конституции, заключающуюся в свободе личности» (73).

Ахундов был первым, кто заявил о необходимости реформы Ислама, его «протестантизм», видимо, не в последнюю очередь подпитывался увлечением масонской идеологией, знакомство с которой шло посредством близкого друга мыслителя – Мирзы Мелкум-хана (74). Ахундов полагал, что для выхода из социального и духовного застоя на Востоке весьма важно создание масонских организаций (75), способствующих реформированию Ислама. В этом пункте Ахундов не только обращался к опыту западных стран, но и по излюбленному своему приему, ссылался на (якобы или действительно) имевшие место в истории мусульманских стран реформистские движения: «Религия ислама в таком только случае может быть прочною и долговечною, когда исповедующие ее помощию наук в состоянии будут вникнуть в сущность религии и знать, что такое она, какая в ней необходимость и в какой форме она должна быть? Тогда произведут в ней изменение и реформу, удержат в ней легкие обряды, некоторые постановления, относящиеся до народных прав, с необходимыми в них же изменениями, уничтожат в ней смертную казнь, изувечение тела и вообще все тяжкие обряды, установленные в пользу божества, и подобно европейским и американским протестантам будут называться протестантами только в исламизме для отличия от других наций. Точно так же как за шестьсот с лишком лет тому назад, царь исмаилидов в одной части Персии, называемой Дейлем, по имени Гасан, сын царя Мамеда Бузург-Уммида, прозванный Алазикрихи-асселам (означает – „да будет благословенной его память“ – А. Аб.) … положил начало протестантизму в исламизме, хотя не удержавшемуся по несочувствию к его похвальному предприятию фанатических народонаселений других соседственных мусульманских держав» (76).

Большинство произведений М. Ф. Ахундова, по сути, направлены против самого духа шиизма, породившего как в Иране, так и в Азербайджане той эпохи поразительный симбиоз религии и суеверия. А в философских трактатах, так и не опубликованных при жизни мыслителя и появившихся в печати только в 1924 году, Ахундов прямо заявлял о своих атеистических позициях, называя Ислам «ненавистной религией арабов». Говоря о том, что каждый человек должен пользоваться свободой духовной и свободой телесной, т. е. светской, Ахундов отмечал: «Независимость религиозная и независимость светская считаются основанием свободы, и каждая из них имеет различные разветвления… Восточные народы по случаю возникновения религии арабов и по случаю их владычества в Азии также утратили полностью свободу, так отчуждились от мысли равенства и лишились дара равноправности в человечестве, что в настоящее время о них даже и понятия не имеют» (77). Являясь государственным служащим Российской империи, Ахундов, тем не менее, не удовлетворялся даже правовыми нормами этой монархии, и обращал свои взоры на европейские страны, в которых утвердился конституционный строй.