Вообще за весь период правления в регионе России, а затем и в годы СССР было предпринято несколько реформ, касающихся официальных структур Ислама. В 1872 г – созданы шиитское и суннитское управление мусульман Закавказья; в 1914 г. принято Положение об Управлении духовными делами мусульман; в июле 1917 г. – 2-ой всероссийский съезд мусульман (Казань) – учредил организацию Центрального Духовного Управления мусульман (ЦДУМ); при большевиках в январе 1918 образовались три структуры – ЦДУМ – высшая, средняя – административное звено Управления – крупные (областные) подразделения – мухтасибаты, первичная – приходы во главе с имамами. В 1927 г в ЦДУМ входило 151 мухтасибатов и 14825 приходов; в 1944 г. – было восстановлено Духовное Управление шиитов и суннитов, а в 1948 г. – Духовное управление Закавказья (общее для шиитов и суннитов). После развала СССР, в ноябре 1992 года был учрежден Высший религиозный Совет народов Кавказа, председателем которого избран шейх-уль-ислам Азербайджана А. Пашазаде (54). С ходом независимого развития постсоветских стран тенденции «исламского единения» отступили на задний план, уступив дорогу новым попыткам инкорпорации религиозных организаций в национальное государство. В этой связи, к примеру, поэтапно общины мусульман Северного Кавказа и Грузии стали абсолютно независимыми от Духовного Управления, расположенного в Баку. Как и всегда в этом вопросе наряду со стремлением добиться независимости существовали и политические резоны, по которым любое внешнее влияние на какую-то группу внутри государства априори опасно для безопасности этого государства.
Туркменчайский мирный договор между Россией и Ираном, по которому Северный Азербайджан отходил к Российской империи, явился не только прологом к широкомасштабным демографическим изменениям в регионе, но и привел со временем к подрыву иранского влияния, а затем и маргинализации азербайджанского высшего сословия. Более того, в скором времени Россия пересмотрела свои договора с местными ханами, и последние потеряли остатки некогда монопольной власти на своих землях. Все привилегии были упразднены, а «…по условиям Туркменчайского договора на территориях Карабахского, Нахчыванского и Эриванского ханств запрещалось селиться или проживать азербайджанцам «носившим публичные звания или имеющие некоторое достоинство, каковы суть: ханы, беки, духовные начальники или моллы, кои личным примером, внушениями и тайными связями могут иметь вредное влияние на прежних своих сородичей, бывших в их управлении, или им подвластных» (55).
Со времен русского завоевания исламская религия в Северном Азербайджане всегда находилась под серьезным надзором. В результате систематических мероприятий власти консолидирующая роль религии была существенно снижена, царская Россия особое внимание придавала проблемам противоборствующих направлений в Исламе, создавая искусственные противоречия между шиитами и суннитами. В русле этой политики высшая духовная элита была разделена на последователей Кавказского шейх-уль-ислама и Кавказского муфтия. Создание двух духовных управлений во главе с муфтием и шейх-уль-исламом преследовало целью, наряду с усилением контроля над духовенством, закрепление суннитско-шиитского размежевания (традиционная имперская политика). В русле этой политики вводилось также раздельное обучение шиитов и суннитов в медресе. До революции «каждые 50—70 дворов в азербайджанских деревнях составляли приход (махаллу), обслуживаемый отдельной мечетью и несколькими служителями культа. Мулла с помощью многочисленного актива из числа имущих осуществлял надзор над духовной жизнью прихожан, добиваясь строгого соблюдения требований шариата…, регулирующего не только религиозную жизнь прихожан, но и бытовые, семейно-брачные, имущественные и другие отношения» (