М. Хусаин активно способствовал проведению российской внешней политики в Центральной Азии (среди казахов и туркмен) и на Кавказе (в Кабарде). Ему удалось добиться признания «духовной власти» российского муфтия у казахской элиты. В 1797 г. при содействии муфтия учреждается Ханский Совет для управления Малым жузом. По его рекомендации ханом был выбран лояльный России Айчувак. Благодаря усилиям М. Хусаина и Джангир-хана казахи начали учиться в медресе Каргалы, Стерлитамака и Стерлибашево. В 1805 г. муфтий участвовал в «секретной комиссии по делам туркмен». На Северном Кавказе он по поручению правительства организовывал родовые суды у горских народов и принимал присягу на верность России.
Муфтий был сторонником открытия школ европейского образца. 10 сентября 1818 г. он обратился к министру народного просвещения с ходатайством об открытии училища для подготовки духовенства с программой, близкой к программе русских главных училищ в Казани и Оренбурге. Подразумевалось, что лучшие выпускники могли бы продолжить образование в Казанском университете наряду с христианами. Этот проект не был реализован.
В целом первая половина XIX в. упрочила позиции официального духовенства и буржуазии, ориентировавшейся на сотрудничество с государством. Первый муфтий ОМДС М. Хусаин (1788–1824) проводил политику, направленную на подчинение духовенства как ему лично, так и государству. Бухарская традиция, опиравшаяся на подчинение религии государству, отвечала этим целям.
Если Оренбургское и Казанское губернские правления совместно стремились ограничить контроль М. Хусаина за кадрами на местах, то после его смерти они вступили в конфронтацию по поводу назначения будущего муфтия. М. Хусаин скончался 17 июля 1824 г. через три месяца после отставки А. Н. Голицына, в результате чего был изменен статус Министерства духовных дел и народного просвещения. 132-й параграф закона о министерстве гласил, что «муфтии избираются по-прежнему магометанами»[126]. С сентября 1825 г. казанские имамы и купцы при поддержке вице-губернатора Жилькина предложили кандидатуру старшего ахуна Казани, имама 5-й мечети Габдесаттара. Однако на закате своего царствования император Александр I не стремился к выборам и предложил оренбургскому губернатору представить свою кандидатуру. В качестве таковой был выдвинут Габдессалям Габдрахимов, назначенный Указом императора Александра I 30 сентября 1825 г. Новый муфтий вступил в борьбу с казанскими имамами и мударрисами. По утверждению Марджани, объектами его преследований стали имам 4-й («Голубой») мечети Казани Абдуннасир Рахманкулов, имамы 9-й мечети («Иске-таш») Мухаммедвафа б. Фазыл (Сайфутдинов) и Баймурад аль-Менгери (Мухарямов)[127]. Причем Мухаммедвафа б. Фазыл был избран казыем ОМДС.
Высшее духовное образование новый муфтий получил в Казани у Ибрагима Худжаши и в медресе Каргалы у мударрисов Габбаса б. Габдеррашида аль-Кушери и Габдуррахмана б. Мухаммадшарифа аль-Кирмани. В сентябре 1799 г. он стал имамом Оренбургской соборной мечети. Как лидер духовенства центра ОМДС, он вступил во вполне ожидаемый конфликт с муфтием М. Хусаином в 1802 г. В 1805 г. по просьбе хана Малого жуза Айчувака и Оренбургского губернского правления Габдрахимов стал ахуном и мударрисом. Он часто выполнял дипломатические и разведывательные поручения правительства в Казахстане и Средней Азии. В 1823–1824 гг. состоял членом комиссии по решению ордынских дел под председательством ханов Ширгазы и Айчувака. Тесному сближению Габдрахимова с казахской знатью способствовало то, что ахун занимался обучением их детей в собственном медресе. Все расходы на обучение и проживание детей казахских ханов и старшин оплачивала российская казна.