По своим земельным владениям и доходам М. Хусаин фактически стал крупнейшим мусульманским землевладельцем края. Согласно Указу императрицы Екатерины II от 26 января 1793 г., Хусаин получил право покупать у башкир земли и «заселять оные покупаемыми за границей иноверцами». Ему и его потомству также присваивалось право «продавать оных, с тем, однако, предостережением, чтобы покупка и продажа таковых людей простиралась токмо до иноверцев не христианского исповедания». М. Хусаин обладал обширным помещичьим хозяйством, недвижимостью в Уфе и Оренбурге. По некоторым данным, после смерти он оставил огромную по тем временам сумму в 50 000 рублей.

В 1803 г. М. Хусаин добивается замечаний в адрес губернской администрации от молодого императора Александра I. Российский правитель обосновывает необходимость уважения императора как представителя многочисленных мусульманских народов. Возможно, этот конфликт был вызван тем, что оренбургское губернское правление прямо поддержало ахуна Г. Габдрахимова в его конфликте с муфтием, пик которого пришелся на 1802–1805 гг.[121] М. Хусаин проиграл в этом конфликте, но сохранил свой пост, и с 1811 г. муфтии стали подсудны только Правительствующему Сенату.

В 1808 г. в Казанской и в 1822 г. в Оренбургской губерниях у местной администрации и мусульман возникали идеи создания губернских духовных правлений. В 1822 г. чиновники Оренбургского губернского правления предлагали создать в Петербурге Высшее духовное собрание в лице коллегии ахунов, имеющей право апелляционного суда по вопросам церковного права. Уже в начале XIX в. мусульманская элита и ряд чиновников понимали потребность увеличения автономии духовных властей, наличия строгой централизации духовной власти и соответствия структур духовных органов административно-территориальному устройству России. Все эти проекты не были реализованы, и практически единственным механизмом контроля со стороны ОМДС было временное изъятие Указа или отстранение от должности указного муллы[122].

Если за противником жестко не стояли губернские власти, то М. Хусаин смещал его. Так, наиболее серьезной попыткой противостояния политике централизации ОМДС стала деятельность имама деревни Ура Казанской губернии Хабибуллы б. Хусаина аль-Уруви. Мулла Хабибулла учился в Бухаре и Кабуле вместе с будущим муфтием М. Хусаином. Хабибулла развернул свою деятельность главным образом среди мишарей Нижегородчины, где приобрел много шакирдов и мюридов. Благодаря поддержке губернских властей ему удалось занять ключевой пост имама мечети на Макарьевской ярмарке, которая тогда была основным торговым центром татарского мира[123]. При этом он сместил с данного поста своего брата Фатхуллу, назначенного муфтием М. Хусаиновым. В это время имамы Ярмарочной мечети ежегодно назначались из числа лояльных муфтию имамов других регионов. Это было мощным финансовым подспорьем, как для имамов, так и самого муфтия. Нижегородские же власти и мусульмане предпочитали иметь стабильного имама. В 1804 г. Хабибулла отправился в Петербург, где добивался создания самостоятельных духовных правлений в Пензенской, Саратовской, Симбирской и Казанской губерниях. Саратовское губернское правление предлагало вариант создания такого рода Собрания при условии его номинального подчинения ОМДС. Штаты его правления фактически были аналогичны штатам ОМДС, причем предполагалось введение сана муфтия. Отличие состояло в том, что правление должно было финансироваться за счет самих мусульман. В 1813 г. казанский губернатор добился от князя А. Н. Голицына поддержки Х. б. Хусаина