Итак, оставаясь подчиненной Сасанидской империи, Армения отвоевала себе некоторую политическую автономию со свободой исповедовать христианскую веру. Примерно в это же время она начала добиваться религиозной свободы, отделяясь от греческой конфессии. Это отделение было осуществлено в несколько этапов. «Начало» было даже незаметным.

Как известно, греко-римский Халкидонский собор (451) зафиксировал, согласно формуле римского папы Льва Великого, ортодоксальную формулу о единстве в личности Христа человеческой и божественной природы. Отцы Халкидонского собора предали анафеме одновременно монофизитов, приверженцев доктрины Евтихия, видевших в Христе лишь одну божественную природу, и несториан, которые, не довольствуясь теорией о двух «природах», видели в нем и две «личности», божественную и человеческую. Но в своем желании прийти к соглашению по компромиссной формулировке отцы Халкидонского собора проявили снисходительность если не к идеям, то, по крайней мере, лично ко многим несторианским прелатам, за что получили от монофизитов обвинение в несторианском уклоне. В этом духе высказалась и армянская церковь. Отметим, что ее представители, в силу обстоятельств, не смогли прибыть в Халкидон: дата проведения собора (451) – это время разгрома армян при Аварайре. С другой стороны, в ходе героической борьбы Армении против Персии за сохранение своей христианской веры (450–485) Византийская империя не оказала ей никакой помощи. Враждебность к решениям Халкидонского собора, замаранным латентным несторианством, как и враждебность к одобрившей их византийской церкви, развивались медленно. Правда, в Константинополе новый император Зенон (474–491) издал в 482 г. документ, известный под названием Энотикон, который вроде бы изменял принятые в Халкидоне решения в пользу монофизитства, а его преемник Анастасий (491–518) проявил себя как открытый монофизит. Так что не стоит удивляться тому, что армянский патриарх Бабкен Отмесеци (490–515) на национальном синоде, собранном в Двине в 506 г., отверг халкидонские постановления как несторианские: в этом он был солидарен с императорским двором. Но в 519 г. новый император Юстин вернулся к халкидонской ортодоксии. Однако армяне не последовали за ним и остались монофизитами. На новом Двинском соборе 554 г., на котором председательствовал армянский патриарх Нерсес II Аштаракеци, также называемый Багревандци, занимавший престол понтифика с 548 по 557 г., халкидонские решения были решительно осуждены. Разрыв армянской церкви с византийской окончательно совершился полвека спустя, когда армянский патриарх Авраам Албатанеци на третьем Двинском соборе 608–609 гг. провозгласил, что «в Христе существует лишь одна природа, без смешения», что является определением самой сути монофизитства.

Традиционно считается, что один из этих синодов, а именно тот, что проходил в 554–555 гг., проводился под покровительством персидского царя. Доказательств этому утверждению нет, но бесспорно, что превращение армянской церкви в независимую и ее теологический разрыв с церковью византийской были весьма приятны ктесифонскому двору. Образовавшаяся между Арменией и Византией духовная пропасть отныне так и не зарубцуется. Не уходя на теологическую почву, отметим лишь, что таким образом Армения завершила отвоевание для себя полной моральной независимости: монофизитство спасало ее от поглощения Византией, так же как христианство избавляло от угрозы поглощения Персией.

В это же время в христианской церкви Персии произошло не менее капитальное событие, которое в скором времени изменило отношение сасанидских властей к местным христианам: эта церковь перешла в несторианство.