С момента образования Временного правительства во главе Морского министерства встал член Государственного совета по выборам, член III Государственной Думы, сын купца 1-й гильдии, выпускник историко-филологического факультета Московского университета и прапорщик запаса армейской пехоты Александр Иванович Гучков. Первым его шагом в Морском министерстве стала замена лиц, стоявших во главе его, более свежими и непричастными к делам прежнего порядка людьми. Своим помощником он назначил молодого контр-адмирала М. А. Кедрова, участника обеих войн и обороны Порт-Артура, которому стали подчинены все центральные учреждения Морского ведомства, за исключением Морского Генерального штаба, находившегося в непосредственном подчинении А. И. Гучкова.

Начальником Главного Морского штаба А. И. Гучков назначил сына погибшего в Цусимском сражении командира крейсера «Аврора», 33-летнего капитана I ранга В. Е. Егорьева, которому подчинил все учебные военно-морские заведения, в том числе и Морское училище.

По мнению В. Е. Егорьева, Морское училище должно было быть отнесено к разряду высших учебных заведений с трехгодичным курсом специальных классов, но переведенных на время войны на двухгодичный срок обучения. Общеобразовательные классы Морского училища, временно оставленные при учебном заведении, подлежали по его распоряжению постепенному упразднению.

Директора Морского училища вице-адмирала В. А. Карцова в апреле 1917 года освободили из тюрьмы и распоряжением Временного правительства уволили в отставку. Исполняющий обязанности начальника Училища генерал-лейтенант флота A. М. Бригер, пытаясь предотвратить расформирование и закрытие учебного заведения, вынужден был согласиться выполнить все требования начальника Главного Морского штаба. B. Е. Егорьев требовал обновить весь штат преподавателей и офицеров-воспитателей, а также учебные программы и идеологию системы подготовки командных кадров для нового флота. По распоряжению В. Е. Егорьева директор Училища В. А. Бригер обратился к родителям всех воспитанников с циркулярным письмом, в котором родственникам сообщалось о коренном изменении в идеологии воспитания кадетов и гардемаринов. Родителям, не согласным с нововведениями в учебном процессе, предлагалось взять своих сыновей из Училища. Однако большинство родителей и воспитанников полагали, что это временные условия, поэтому после вынужденного месячного отпуска большая часть воспитанников 2 апреля 1917 года возвратилась в Морское училище. Разойдясь по ротным помещениям, они обнаружили, что их конторки и рундуки оказались разграбленными. Оставленные в феврале личные вещи, часы и фотографии пропали…

После Октябрьского вооруженного восстания 1917 года, решением Комиссии Управления морских учебных заведений всех офицеров, преподавателей, гардемаринов и кадетов отчислили из Морского училища. В его стенах временно остались лишь директор учебного заведения и технический персонал «для сбережения здания, материальной части и имущества». Только роту старших гардемаринов перевели в учебное заведение: Отдельные гардемаринские классы, созданные приказом по Морскому ведомству №267 от 16 августа 1914 г. на основе Временных куров юнкеров флота в Галерной гавани. Воспитанников Отдельных гардемаринских классов называли «черными» гардемаринами в отличие от «белых» Морского корпуса (за черный цвет погон с желтыми якорями).

В 1917—1918 учебном году в Училище находились два гардемаринских класса (набора 1912 и 1913 гг.) и два кадетских – 4-я и 5-я роты (набора 1915 и 1916 гг.). Всего насчитывалось около 450 воспитанников.