1 марта 1881 г. (ст. стиля) император Александр II был убит террористами. В результате расследования было установлено, что по делу проходили 25 воспитанников Морского училища. Данное обстоятельство не могло не отразиться на руководстве Училища и порядке в нем.

С осени 1882 г. начальником Училища был назначен контр-адмирал Свиты его величества Д. С. Арсеньев. Будучи воспитателем великих князей Сергея Александровича и Павла Александровича, он привнес в училище «придворный» стиль, сделав главным предметом танцы, для чего был приглашен артист балета Гельцер. В результате воспитанники дали новому директору прозвище «шаркун».

Правление Д. С. Арсеньева отвечало духу времени Александра III – времени контрреформ. Он возглавлял училище в течение 14 лет, до коронования Николая II. По воспоминаниям А. Н. Крылова, «ему было предписано истребить в Морском училище дух „превратного толкования“, и он решил, что самый простой и верный способ – это истребить всякое толкование». По поводу назначения Д. С. Арсеньева директором Морского училища адмирал Дмитрий Захарович Головачёв в разговоре с коллегами довольно язвительно замечал, что «новый начальник имел под своим ведением двух великих князей и двух придворных лакеев и поэтому ему дали воспитывать 700 кадет».

В 1885 г. на год понизили возраст поступающих. Училище в это время состояло из шести рот-курсов: гардемаринская рота, воспитанники которой назывались гардемаринами, четыре строевых роты и нестроевая рота – шестая, для малолетних. Прием в Училище производился лишь в шестую роту. Лишь отдельные личности, и то по особому разрешению, могли поступить в старшие роты. Кроме этого были отменены пробные плавания перед вступительным экзаменом, восстановлено звание «гардемарин» для учащихся специальных классов, от кадет они отличались якорями на погонах. Также было отменено строевое звание «гардемарин», присваиваемое выпускникам.

Тем не менее в этот же период был обеспечен высокий уровень преподавания, в чем заслугу приписывают инспектору классов капитану 1-го ранга П. П. Вальронду и его помощнику полковнику Я. И. Павлинову. По оценке А. Н. Крылова, все преподаватели были отличными. Математику преподавали: автор учебника Н. Н. Зыбин, капитан 2-го ранга А. А. Бартенев и А. Н. Страннолюбский (1839—1903), преподававший Великим князьям (в 1868 г. он занимался с 18-летней Софьей Ковалевской), а с осени 1870 г. читавший лекции по математике на Аларчинских женских курсах. Из других лучших преподавателей вспоминают А. Д. Дмитриева с 40-летним стажем и П. К. Гейлера со стажем более 50 лет.

В конце 1880-х гг. в Училище преподавали А. Н. Крылов, а также Юлий Михайлович Шокальский (внук Анны Петровны Керн, которой А. С. Пушкин посвятил стихотворение «Я помню чудное мгновенье…»), окончивший Училище в 1877 г. и преподававший затем математику, навигацию и физическую географию (автор термина «Океанография» и «Мировой океан», впоследствии председатель Географического общества СССР). Вместе с Ю. М. Шокальским окончил Училище и Григорий Иванович Шульгин, который также стал преподавать в Училище в 1884 г. и стал затем автором учебников по плоской и сферической тригонометрии, морской съемке, задачника по мореходной астрономии и других пособий (в 1897 г. назначен помощником инспектора классов Морского кадетского корпуса, продолжая вести курс мореходной астрономии). Навигацию и астрономию преподавали штурманы П. К. Бубнов и М. М. Беспятов, автор нескольких учебников. Девиацию читали Я. И. Павлинов и А. Н. Кудинович. Лекторами по математике и теории корабля были В. М. Сухомель и А. М. Бригер, по артиллерии – И. А. Яцыно. В эти же годы в Морском училище начал работать Н. Л. Кладо, который сумел блестяще организовать преподавание курса Военно-морской истории, а впоследствии – Тактики флота. На выпускных экзаменах комиссия особо отметила прекрасные знания гардемаринов по предметам, относящимся к кораблевождению, астрономии, лоции, навигации и морской съемке.