В декабре 1861 года исправляющим должность директора Корпуса был назначен капитан 1 ранга Воин Андреевич Римский-Корсаков, в 1865 году произведенный в чин контр-адмирала и назначенный уже директором Корпуса.

В 1861 году под патронажем великого князя Константина Николаевича были установлены новые правила приема в Морской корпус. В Корпус принимались юноши с хорошим здоровьем от 14 до 17 лет; кроме дворян, право на поступление имели также дети «почетных граждан», заслуженных армейских и флотских офицеров, гражданских чиновников. Телесные наказания были отменены, основной упор сделали на стремление выработать дисциплину, основанную на сознательном отношении к делу.

7 августа 1862 года на базе Офицерского класса (1827) Корпуса был создан Академический курс морских наук для продолжения переподготовки офицеров флота. Курс имел двухлетний цикл переподготовки и три отделения: Гидрографическое, Кораблестроительное и Механическое. Для поступления на Курс требовалась предварительная служба в офицерском чине не менее двух лет. Вакансии распределялись между флотскими офицерами и офицерами корпусов Морского ведомства.

В сентябре 1862 г. Специальные юнкерские классы при Морском кадетском корпусе были упразднены. Обучаемым юнкерам было предложено жить по домам, а в Корпус приходить только для посещения лекций. Летом юнкера участвовали в плаваниях под руководством назначенных офицеров, а в гардемаринах им еще предстояло побывать и в заграничных плаваниях. Экзамены для всех юнкеров, посещавших классы и не посещавших, для перевода в звание гардемарин, а затем мичман проводились в Морском кадетском корпусе, поэтому данные юнкера считались его выпускниками.

В 1864 г. был расширен сословный ценз для поступающих. Начали проводиться приемные испытания: Закон Божий, русский, география, описание России, черчение карт, история, математика (арифметика, алгебра до непрерывных дробей и логарифмов, геометрия), физика, зоология, ботаника, французский и немецкий – перевод. Также была введена оценка успеваемости по 12-бальной системе. Изъявившие желание поступать в Корпус допускались к пробному 2-месячному плаванию на судах Морского корпуса в мае—июне, то есть до экзаменов.

8 мая 1867 г. был утвержден новый Устав учебного заведения, на основе которого 2 июня Морской корпус был переименован в Морское училище. Целью Училища было дать специальное морское образование молодым людям, посвятившим себя службе на флоте. Вновь повышен приемный возраст для юношей – с 15 до 18 лет, а срок обучения был установлен в 4 года. Училище было отнесено к разряду высших учебных заведений специального профиля, хотя официально оно было признано таковым только в 1891 г.

Количественный состав Училища был уменьшен до 240 воспитанников с ежегодным приемом 60 человек. Были также определены правила содержания пансионеров, принимаемых за счет пожертвований.

Весь личный состав Училища был разделен на 4 роты из двух отделений (взводов). Воспитанники одного года обучения составляли класс (совр. – курс). Каждая рота размещалась отдельно. Произошло также изменение формы одежды: темно-зеленый цвет, мундир с шароварами, сапоги, башлык, стоячие воротнички на полукафтанах заменены на отложные, кивера заменены на лакированные круглые шляпы с большими полями, на шелковой ленте вокруг тульи шляпы была надпись: «Морское училище». Позже шляпы заменили на темно-зеленые фуражки, с коленкоровым белым чехлом, на ленте – инициалы «М. У.». При этом Уставом было предписано ухаживание за формой производить по возможности без прислуги.