В 1817 году штат Корпуса предусматривал обучение 700 кадетов и гардемаринов, расходы на его содержание составляли более 460 тыс. руб. в год.

После воцарения на престоле после восстания декабристов в 1825 г. императора Николая I он взял Морской корпус под особый контроль, обусловленный тем, что 30 выпускников Корпуса активно участвовали в восстании.

В марте 1825 г. на должность директора Корпуса был назначен контр-адмирал П. М. Рожнов, его заместителем стал капитан 1-го ранга П. Ф. Качалов, бывший командир Гвардейского экипажа, пытавшийся привести экипаж к присяге новому императору Николаю I.

После первого посещения Корпуса в марте 1826 года Николай I составил собственноручную записку, в которой изложил свои взгляды на воспитание и образование кадетов и гардемаринов.

В ноябре 1826 г. Морское министерство провело полное инспектирование корпуса. В результате было утверждено новое Положение о Морском кадетском корпусе, а также утвержден новый штат корпуса. Корпус приравняли к Экипажу, аналогичному армейскому батальону. Командиром Экипажа стал заместитель директора Корпуса. Экипаж включал в себя гардемаринскую, три кадетские и резервную роты. В кадетских ротах обучались мальчики от 10 до 16 лет, в гардемаринской – юноши 16—18 лет. Численный состав каждой роты – 101 человек, из них 8 назначались унтер-офицерами. Командир роты – капитан-лейтенант. Рота делилась на 4 отделения (в учебном отношении – классы), ими командовали два лейтенанта и два мичмана. На 400 штатных учеников приходилось 50 преподавателей и 220 человек обслуживающего персонала.

30 декабря 1826 года императором был утвержден новый штат Морского корпуса. Комплектное число воспитанников было увеличено до 505, а на содержание Корпуса было назначено 341 565 рублей в год.

В 1827 г. директором Корпуса был назначен контр-адмирал Иван Федорович Крузенштерн, выпускник Корпуса 1788 г., в 1803 г. совершивший первое российское кругосветное плавание на фрегате «Надежда», и который с 1811 г. был инспектором Корпуса. Историк флота Ф. Ф. Веселаго отмечает, что 15 лет его правления Корпусом (1827—1842 гг.) стали самыми блистательными в его истории. Ф. Ф. Веселаго называет Ивана Федоровича добрейшим стариком, который трогательно опекал воспитанников и упрекал офицеров за то, что «дети слишком устают», впрочем, сердоболие директора компенсировалось требовательностью батальонных командиров.

И. Ф. Крузенштерн, сам являясь ученым, собрал в Корпусе лучших преподавателей столицы. Лекции по математике читали академики М. В. Остроградский, В. Я. Буняковский, П. Н. Фус; физику преподавал Э. Х. Ленц, ставший впоследствии академиком и профессором Петербургского университета, основоположником теории электромагнетизма и основ электротехники. Преподавателями корпуса были историк Н. Г. Устрялов, корабельные инженеры А. А. Попов и С. О. Бурачёк, силами последнего была изготовлена модель фрегата «Наварин», простоявшая для занятий в Столовом зале Корпуса более 100 лет.

Привлечение опытных педагогов позволило подготовить к изданию несколько новых руководств по начертательной геометрии, географии, тактике, арифметике и алгебре. В фондах библиотеки насчитывалось 8 519 томов и 287 топографических и морских карт.

28 января 1827 года по инициативе И. Ф. Крузенштерна при Корпусе был открыт Офицерский класс для «усовершенствования некоторого числа отличнейших из вновь произведенных офицеров в высших частях наук, к морской службе потребных». Курс обучения был сначала двух-, а потом трёхлетний