Однако, по отзывам выпускников, «стол в Корпусе был хорош, но не роскошен. Ржаной хлеб, квас, булки были всегда отличного качества, но бенефисы эконому в это время не переводились…» Рассказывали, что в Морском корпусе воспитанники довольно агрессивно протестовали против попыток администрации «урезать» десерт. Как свидетельствует окончивший Корпус в 1825 году Д. И. Кузнецов, «…если 6 ноября в храмовый праздник не давали яблоков, то ночью били стекла, ломали на галереях балясины, так что вгоняли починку всего в цену дороже покупки яблоков…»

Дата 6 ноября стала также и общестоличной: в этот день после бала в Морском корпусе начинались балы по всему Санкт-Петербургу.

Историк флота Ф. Ф. Веселаго писал: «Царствование Императора Павла Петровича было для Морского Корпуса одним из самых счастливых годов его существования». К сожалению для Корпуса, в ночь с 11 на 12 марта (ст. стиля) 1801 года император Павел I был в результате заговора убит, и на престол взошел его сын Александр I.

С 1753 по 1802 гг., по данным историка Ф. Ф. Веселаго, Морским корпусом было выпущено 3036 офицеров. Среди воспитанников Морского корпуса данного этапа были адмиралы Фаддей Беллинсгаузен, Иван Крузенштерн, Павел Нахимов, Федор Ушаков, Александр Панфилов. Кроме этого, в нем учились композитор Николай Римский-Корсаков, писатель Владимир Даль, художник Василий Верещагин и многие другие, ставшие позже культурной элитой России.

В 1802 году из названия Корпуса исключили слово «шляхетный», но принцип комплектования Корпуса не изменился. Слово «шляхетный» (дворянский) изъяли неслучайно, так как еще при Екатерине II в Корпусе организовали обучение корабельных мастеров и штурманов, как правило, набираемых из разночинцев в специальной Школе. При этом обучающихся называли гимназистами. При учителях в Корпусе наряду с подмастерьями оставались ученики, тоже в основном разночинцы.

Директором Корпуса 30 апреля 1802 г. стал контр-адмирал Петр Кондратьевич Карцев, ветеран войн с Турцией и Швецией. Наиболее способные гардемарины стали отправляться волонтёрами на английский и французский флоты и, в частности, участвовали в Трафальгарском сражении (9 октября 1805 года). Директору П. К. Карцову 5 мая 1802 года удалось исходатайствовать разрешение и деньги на постройку нового каменного флигеля и исправление всего здания.

При управлении корпусом П. К. Карцевым содержание учебных программ определяли склонный к математике инспектор классов Платон Яковлевич Гамалея и его друг и соратник Марк Филиппович Горковенко.

В 1803 г. был утвержден новый штат Морского корпуса и установлена новая форма: сюртук темно-зеленого цвета с золотой вышивкой по краю воротника и по обшлагам рукава (гардемаринам без вышивки), золотые погоны (для гардемаринов – зеленое сукно с вышитым желтым якорем), камзол и панталоны, черный шелковый галстук, шляпа с бантом и петлицей, серая шинель, кортик (22 апреля 1811 г. форму одежды вновь изменили, ввели черные двубортные фраки с киверами).

На выпускном экзамене 1804 г. 13 лучших в науке гардемаринов были удостоены монарших подарков – секстанов английской работы. В числе награжденных были Г. С. Шишмарев и А. П. Лазарев, будущие адмиралы, и будущий министр народного просвещения (1850 г.) князь П. А. Ширинский-Шихматов.

В 1812 году Морской корпус произвёл два выпуска, флот пополнился 134 мичманами, многие из которых приняли участие в войне с наполеоновской Францией.

В 1816 г. в Корпусе случилось два пожара из-за плохого содержания дымоходов, в обоих случаях на пожарах присутствовал сам император. После наводнения в квартале Корпуса построили два каменных двухэтажных флигеля. На рисунке здания Корпуса 1816 года (вклейка 2.2) можно увидеть, что на месте современного Адмиральского (парадного) пешеходного входа были деревянные высокие ворота, через которые в учебное заведение на Парадный двор