По словам Босса, Брюс стоял во главе того движения в петровской России, которое стремилось привнести новоевропейский характер науки и языка. И это не удивительно, имея в виду длительное общение Брюса с Ньютоном в конце 90-х годов XVII в.[44] В Англии он имел достаточно авторитета, чтобы в конце 1698 г. сделать доклад на заседании Королевского общества. В этом докладе он сообщает «о новых разработках лаборатории Ньютона и фактически выступает от коллектива ученых, работавших с Ньютоном»,[45] великим ученым, который «заявлял, что в миг творения Господь наделил каждую созданную им частицу материи “врожденным тяготением к прочим”»,[46] и что «гравитация не какое-то “врожденное”, изначальное свойство материи; напротив, ее создает некий невидимый агент. Ньютон уверял, что “не дерзает заявлять, будто знает причину тяготения”, полагая лишь, что оно требует “посредничества чего-то невещественного” и добавлял, что сия неведомая причина к тому же “весьма сведуща в механике и геометрии”».[47] По словам Ф. Йейтс, «в алхимических увлечениях Ньютона немаловажную роль сыграл “Британский Химический Театр” Ашмола – книга, вдохновленная традицией Джона Ди и майеровым алхимическим движением»,[48] и в конечном счете, – розенкрейцеровским алхимическим движением XVII в.

Тем не менее, пишет Коллиз, многочисленные мифы и легенды, распространенные в «российской популярной и литературной культуре», полностью обойдены в смелой попытке В. Босса изобразить Я. Брюса в научном свете. Более того, доказательства, базирующиеся на содержании библиотеки Брюса, указывающие на его тягу к тайным наукам, таким как алхимия, канадским исследователем пропущены. Р. Коллиз полагает, что пора пересмотреть взгляд на личность Якова Брюса в таком же ключе, как, например, это сделала Бетти Джо Доббс, изменившая восприятие сэра Исаака Ньютона, показав его интерес к алхимии, герметизму и милленаризму. [49]

Химический эксперимент и экспертиза металлов имели большое значение для Брюса и входили в число его служебных обязанностей. Его должность генерала-фельдцейхмейстера русской артиллерии, например, требовала широких химических познаний в методах, необходимых для приготовления пороха и взрывчатых веществ. Знания аналитики химических процессов были хорошим подспорьем для желающих занять руководящие посты в горнодобывающей промышленности, металлургии и финансовой системе любой крупной европейской державы. В эпоху Брюса, многие из самых известных должностных лиц, занимающие подобные посты, обладали химическими познаниями, основанными на алхимической традиции. Например, в конце XVII в. государственным бергмейстером в Нидерландах был алхимик Гуссен ван Вресвик (1626–1689). В Англии должность начальника министерства минеральных ресурсов в 1709–1710 гг., как отмечалось выше, занимал Моисей Стрингер, а директором Королевского монетного двора в этот период был некто иной, как «алхимический энтузиаст» Исаак Ньютон. В Швеции, должность горного советника между 1689–1702 гг. занимал алхимик Иоганн фон Кункель фон Ловенштерн (1612–1702), в то время как в 1716 г. мистик Эмануэль Сведенборг имел звание Чрезвычайного Эксперта Горного Совета.

Таким образом, президент Берг-коллегии и директор Санкт-Петербургского Монетного двора Яков Брюс, занимал в российской государственной системе те же посты, которые занимали в западной Европе люди, имеющие непосредственное отношение к алхимии. В своей московской резиденции, располагавшейся в Сухаревой башне, Я. Брюс много времени уделял научным экспериментам. Именно здесь Брюс основал первую астрономическую обсерваторию в России, и именно здесь таинственное «Общество Нептуна» якобы практиковало алхимию. Подавляющее большинство легенд, ссылаясь на неустанное стремление Брюса к различным видам магии и алхимии, описывают Сухареву башню как его штаб-квартиру, в подвальной лаборатории которой он без устали работал по ночам.