До середины II века до н. э. маккавейский город находился в 2—3 км на северо-запад от холма. С конца II века Иерихон опять оживает, правда, тоже не на холме, а у Вади-Кельт. Здесь он и был разрушен в 70 годах I века н. э. Веспасианом.

Но при Адриане город был опять восстановлен. Тогда ещё «живы» были развалины «Хилани», которые почитались, как «дом Раав». И хотя этот дом более поздний, его представляют домом предательницы города, которая помогла Израилю.

С городом Иерихоном Новый Завет связывает рассказ об одном из замечательных деяний Иисуса Христа – исцелении «иерихонского слепца»: слепец воззвал к проходящему мимо Христу об исцелении и тот совершил чудо – слепец прозрел.

Город существовал и в VII – IX веках. С XIII века в нём был мусульманский посёлок, который в середине XIX века снес Ибрагим-паша.

С 1929 года раскопки в Иерихоне вел англичанин Джон Гарстанг. В 1935—36 годах он обнаружил нижние слои поселения каменного века. Люди, не знавшие керамики, уже вели оседлый образ жизни. Жили сначала в круглых полуземлянках, а потом в прямоугольных домах. В одном из подобных раскопанных домов обнаружен парадный зал с шестью деревянными столбами – остатки храма. Предметов домашнего обихода ученые здесь не нашли, зато обнаружили много фигурок животных из глины: лошадей, коров, коз, овец, свиней, а также пластические скульптуры символов плодородия. В одном из слоев доисторического Иерихона обнаружены групповые портреты (скульптуры) мужчин, женщин и детей в натуральную величину (глина на тростниковом каркасе).

Дальнейшие открытия в Иерихоне сделала Кетлин Кеньон в 1953 году. Именно тогда об Иерихоне заговорили как о древнейшем городе мира.

Крепость 8 тысячелетия была окружена толстой каменной стеной с мощными башнями, и ни один из более поздних городов на этом месте не воспроизводил таких мощных башен. Стена ограничивала собою площадь 2,5 га на которой жили примерно 3 тысячи человек. Скорее всего, они занимались торговлей солью с Мертвого моря.

Древний Иерихон, вероятно, является «родоначальником» традиции отнимать у покойников черепа (похороны без головы). Головы хранились (или хоронились) отдельно от тела. Этот обычай до самых последних лет существовал у самых разных народов земного шара.

Несмотря на значительные недостатки, с которыми были произведены раскопки, даже на то обстоятельство, что учёные непременно желали «подогнать под Библию» многие открытия, главный вклад Эрнста Зеллина и его коллег в науку в том, что история Иерихона перестала быть исчисляемой с Иисуса Навина и учёный мир получил один из древнейших городов Ханаана, уходящий своим началом в 3—4 тысячелетия до н. э.

Наиболее значительные раскопки памятника были проведены британскими экспедициями под руководством Джона Гарстанга в 1930—1936 годах и Кетлин Кеньон в 1952—1958.

Россия намерена провести археологические исследования в Иерихоне и работать над сохранением иерихонской смоковницы (дерева Закхея), находящейся на земельном участке, который исторически принадлежал Императорскому Православному Палестинскому Обществу и был юридически оформлен Палестинской администрацией на российское правительство в 2008 году. Открытие российского музейно-паркового комплекса в Иерихоне, строительство которого закончено в 2011, «стало ещё одной страницей в развитии духовно-культурных связей между Россией и ПНА». Комплекс был торжественно открыт 18 января 2011 года лидерами двух стран Д. А. Медведевым и М. Аббасом. Впоследствии, одна из главных улиц Иерихона была названа «по решению жителей города именем российского президента».