Согласно новому уставу, во главе управления училищем стоял попечитель, назначаемый из числа почетных опекунов. Непосредственное заведование училищем возлагалось на директора. Ближайшим помощником директора по учебной и воспитательной части являлся инспектор училища, в подчинении которого находились старший воспитатель, наблюдавший за точным исполнением дисциплинарных правил учащимися и за их поведением, а также классные воспитатели и их помощники. Воспитатели были также обязаны вести в училище какой-либо предмет. Правом преподавания основных учебных предметов обладали лица, имевшие звания преподавателей средних учебных заведений. Преподаватели специальных предметов коммерческого цикла были обязаны предварительно сдать экзамены в испытательном комитете Министерства финансов.

В начале XX века учебный план (по терминологии тех лет – учебная табель) Императорского коммерческого училища в Петербурге выглядел следующим образом:

Устав 1879 года восстановил в правах коллегиальные органы учебного заведения – совет, хозяйственное правление и педагогическую конференцию. Ведению совета училища принадлежали преимущественно—финансовые и хозяйственные вопросы. Совет работал под предводительством попечителя. В его состав входили также директор учебного заведения, старшина купеческого сословия и 12 представителей купеческой общественности Петербурга, избираемых купеческим обществом из числа купцов первой гильдии. Хозяйственное правление работало под руководством директора. Его членами являлись инспектор училища, старший воспитатель, казначей и ктитор (завхоз). Без права голоса в работе правления участвовали смотритель и бухгалтер.

Устав 1879 года предоставлял право действительного участия в управлении учебной и воспитательной работой педагогической конференции училища. В ее компетенцию входили: прием воспитанников и их перевод из класса в класс; определение наград воспитанникам за успехи в учебе и прилежание; рассмотрение и одобрение подробных программ преподавания, обязательно составляемых преподавателями для каждого учебного предмета; распределение преподавания учебных предметов по дням и часам; выбор учебных руководств и пособий; рассмотрение годичных отчетов; распределение внеклассных занятий воспитанников училища и утверждение внутреннего распорядка. Педагогическая конференция обладала также правом инициативной постановки перед попечителем вопросов, связанных с составлением инструкций служащим по учебной и воспитательной части, усилением учебной деятельности училища и учащихся, составлением правил приема воспитанников, приемных, переводных и выпускных экзаменов, присуждением наград, разделением классов на параллельные отделения.

В 1897 году при Петербургском коммерческом училище были открыты практический дополнительный и конторский классы. Практический дополнительный класс должен был дополнять специальное образование воспитанников, давать недостающую в специальных классах практическую подготовку по коммерческим предметам и знакомить учащихся с некоторыми финансовыми и юридическими науками, полезными для коммерсанта. В его курс входили практические занятия по бухгалтерии (банковское счетоводство) в объеме 10 часов в неделю; коммерческая корреспонденция на французском, немецком п английском языках в объеме 9 часов в неделю; коммерческая география Дальнего Востока; практические занятия по товароведению, торгово-промыш-ленная статистика; сведения о финансах, консульское право и торговые тракты России – всего 32 часа в неделю. Право поступления в практический дополнительный класс имели как выпускники Петербургского коммерческого училища, так и воспитанники других коммерческих учебных заведений с аналогичным курсом обучения. Однако этот класс просуществовал недолго и вскоре был закрыт в связи с появлением высших коммерческих учебных заведений.