После смерти Малиновского, которая со скорбью была встречена всеми лицеистами, место директора в течение двух лет оставалось незамещенным. Исполнение обязанностей по должности переходило то к одному, то к другому профессору, то к коллегиальному органу – конференции. Какое-то время лицеем руководил отставной подполковник артиллерии, фронтовик аракчеевской школы и отчаянный картежник С. С. Фролов, пытавшийся ввести в учебном заведении казарменную муштру. Лицеисты не только не уважали его, но и не упускали случая открыто высказывать в его адрес презрение. В начале 1816 года одиозный С. С. Фролов был отстранен от директорства и на эту должность был назначен директор Педагогического института в Петербурге Егор Антонович Энгельгард (1775—1862).

Выходец из семьи прибалтийских немцев, Энгельгард родился в Риге. Несколько лет провел на военной службе. При Павле I был секретарем магистра Мальтийского ордена, во главе которого стоял сам император. В это время он сблизился с наследником престола Александром, оказав ему услугу в налаживании контактов с отцом.

Энгельгард руководил Царскосельским лицеем более семи лет, вплоть до своей отставки в 1823 г. На этой должности проявились его незаурядный педагогический талант, умение организовать работу лицеистов с пользой для их всестороннего развития. Определяя в заметках «для себя» свои педагогические принципы, Энгельгард писал: «Только путем сердечного участия в радостях и горестях питомца можно завоевать его любовь. Доверие юношей завоевывается только поступками. Воспитание без всякого наказания – химера, но если мальчика наказывать часто и без смысла, то он привыкнет видеть в воспитателе только палача, который ему мстит. Розга, будет ли она физическою или моральною, может создать из школьника двуногое рабочее животное, но никогда не образует человека. При дружеских отношениях между воспитателем и воспитанником имеется множество способов наказывать без обращения к карательным средствам».

Заметки эти не случайны. Первое, с чем столкнулся пунктуальный Энгельгард в лицее, – это почти полное отсутствие дисциплины среди воспитанников, нарушения нормального хода учебной работы. Педагогу стоило немалых трудов, чтобы восстановить нарушенный порядок, наладить правильные взаимоотношения между воспитателями и лицеистами, заинтересовать их учебой.

Стремясь восполнить недостаток семейного общения, так необходимого в юношеском возрасте, Энгельгард постоянно устраивал в своем доме, располагавшемся напротив лицея, семейные вечера, на которых, по воспоминаниям И. И. Пущина, лицеисты «знакомились с обычаями света, находили приятное женское общество». Традиция таких вечеров была заложена еще Малиновским. Во время летних каникул директор организовывал с учениками дальние прогулки по окрестностям Царского Села. В праздничные зимние дни для них устраивались различные развлечения – загородные катания на санях, запряженных тройками, заливались катки, строились снежные горки.

Один из воспитанников лицея, вспоминая годы, проведенные в Царском Селе, писал: «Энгельгард действовал на воспитанников своим ежедневным с ними общением в свободные от уроков часы. Он приходил почти ежедневно после вечернего чая в зал, где мы толпою окружали его, и тут занимал он нас чтением, беседою, иногда шутливою (он превосходно читал); беседы его не имели никогда характера педагогического наставительства, а всегда были приноровлены к возрасту, служили к развитию воспитанников и внушению им правил нравственности; особенно настаивал он на важности усвоения принципа правдивости. Мы до такой степени привыкли ко вседневным почти его посещениям, что непоявление его в течение двух-трех дней производило общее смятение и беспокойство; тотчас начинались разговоры, не сделал ли кто какого проступка или шалости, которая огорчила директора; виновный сейчас сознавался, отправлялся к нему с повинною – мир восстанавливался, и директор опять появлялся в обычный час, со своим приветливым, ласковым, одобрительным выражением. В старшем курсе отношения его к воспитанникам принимали характер более серьезный. С большим тактом и уменьем он давал уразумевать, что мы уже не дети, и потому беседы его клонились преимущественно к развитию понятия о долге. Чтения были более серьезные, задавались темы для сочинений, которые представлялись директору и от него возвращались с его замечаниями».