Под стать студенческим кельям был и внутренний распорядок учебного заведения. Подъем в шесть часов по звонку. После утреннего туалета – утренняя молитва в зале. С семи часов начинались классные занятия. С перерывами на чай, обед и прогулки они длились до пяти часов вечера. После шести вечера – повторение уроков или вспомогательные занятия в классе. По средам и субботам – уроки танцев или фехтования. В половине девятого – звонок к ужину. После ужина до десяти часов – рекреация. В десять часов – вечерняя молитва и сон. Ко всему прочему – строгий запрет на выезд из Царского Села даже в ближайший Петербург на протяжении всех шести лет учебы. Обязательные прогулки три раза в день в любую погоду. Спортивные занятия.

Обязательным являлось ношение лицейской формы – синих сюртуков с красными воротниками по будням, синих мундиров тонкого сукна при белых панталонах в обтяжку с ботфортами и треугольными шляпами – в праздники. Позднее лицейскую форму несколько «огражданили»: форменные синие сюртуки заменили на серые, гражданского покроя, панталоны – на серые брюки, а треуголки – на синие фуражки с красной опушкой и лакированными козырьками.

По мысли устроителей лицея, строгий быт, форменная одежда, одинаковая для всех, делали воспитанников равными друг перед другом независимо от знатности происхождения, богатства родителей, способствовали сосредоточению внимания лицеистов на главном. А главным в лицее была, конечно же, учеба.

Занятия с лицеистами вели семь профессоров, два адъюнкта, священнослужитель, преподававший Закон Божий, шесть учителей изящных искусств и гимнастики. Кроме того, в штате учебного заведения состояли три гувернера и три надзирателя. Главой лицея считался министр народного просвещения. Непосредственное руководство учебно-воспитательным процессом осуществлял директор, кандидатура которого по представлению министра утверждалась императором.

Первым директором Царскосельского лицея стал просветитель-демократ статский советник Василий Федорович Малиновский (1765—1814). По воспоминаниям некоторых лицеистов, это был человек добрый, простодушный, но малообщительный и малопригодный к директорской должности. И все-таки это была личность, достойная благодарной памяти и уважения. Сын московского протоиерея, выпускник Московского университета, он был одним из образованнейших людей своего времени. До организации лицея служил в разных должностях в Коллегии иностранных дел, в совершенстве владел семью иностранными языками, среди которых были и восточные. Кстати, тесть будущего первого директора Царскосельского лицея – А. А. Самборский также не был чужд педагогики и вошел в историю отечественного образования как основатель первой в России земледельческой школы (1797).

Малиновский являлся автором нескольких научных трудов, в том числе политического трактата «Рассуждения о мире и войне» (1803). В нем он горячо ратовал за всеобщий и вечный мир, высказывал мысли, которые намного опередили свое время и нашли практическое воплощение лишь в двадцатом столетии. Малиновский, в частности, предвосхитил идею Организации Объединенных Наций и Европейского сообщества. Он проектировал создание общего союза всех европейских государств во главе с постоянным органом – советом полномочных, через который предлагал строить все отношения между союзными державами и осуществлять санкции по отношению к тем государствам, которые нарушали международные соглашения.

Другое сочинение Малиновского – записка «Об освобождении рабов», поданная в 1802 г. канцлеру России В. П. Кочубею, свидетельствовало о прогрессивных взглядах автора, его критическом отношении к российской действительности и тому рабскому положению, в котором находилось большинство населения страны. Педагогические и философские воззрения Малиновского оказывали существенное влияние на нравственную атмосферу в лицее, способствовали утверждению в нем духа свободолюбия, а его слова