Возглавляя одновременно с работой в Благородном пансионе кафедру натуральной истории Московского университета, Прокопович-Антонский стремился активно приобщать воспитанников пансиона к современным научным знаниям, превратить все учебные предметы, в том числе математику и естествознание, которые преподавал сам, в средство формирования просвещенных и нравственных людей. Он учил пансионеров самостоятельно мыслить, наблюдать, сравнивать, отстаивать собственную точку зрения; весь учебный материал, как правило, весьма тщательно отбирался, задания выдавались в соответствии с уровнем развития учащихся.

С неменьшим энтузиазмом призывал Прокопович-Антонский своих воспитанников к изучению отечественного языка. «Ошибаются те, – говорил он воспитанникам, – кои думают, что изучение природного своего языка не великого труда стоит. Знать его основательно, знать со всеми тонкостями, чувствовать всю силу его, красоту, важность уметь говорить и писать на нем красиво, сильно и выразительно, по приличию материи, времени и места – все это составляет труд, едва преодолимый. На приобретение такого знания должно употреблять все силы, должно пожертвовать немалой частью жизни».

Педагогические приемы Прокоповича-Антонского отличались благородной утонченностью, благодаря чему в пансионе царили культ вдохновения и религия добра. Предметом особой гордости педагогов и воспитанников были литературные кружки и общества, в которых прививалось изящное эстетическое чутье и одновременно шел активный процесс формирования людей чести и сильной действующей воли, способных преодолевать трудные обстоятельства жизни. В жарких юношеских спорах о литературе, философии, истории пансионеры приобщались к сокровищницам мировой и национальной культуры, вырабатывали безукоризненный литературный вкус, оттачивали умение полемизировать, защищать собственную точку зрения, широко и многопланово смотреть на окружающий мир. Наибольшую известность получило «Собрание воспитанников университетского Благородного пансиона», учрежденное в 1799 г. под председательством Василия Жуковского.

Воспитанник университетского Благородного пансиона, а впоследствии профессор Московского университета по кафедре красноречия и поэзии А. Ф. Мерзляков, вспоминая о «невозвратимых временах» своей пансионерской и студенческой жизни, писал: «Пламенная любовь к литературе, простые, искренние расположения друг к другу, свобода, сладостная беспечность, любезная мечтательность, взаимное доверие, любовь к человечеству, ко всему изящному, стремительность к добру, невинная, охотная, бескорыстная, даже исступительная: вот что было жизнею наших собраний, наших разговоров, наших действий!.. Мы строго критиковали друг друга письменно и словесно, разбирали знаменитейших писателей, которых почитали образцами своими, рассуждали почти о всех важнейших для человечества предметах, спорили много и шумно за столом ученым, и расходились добрыми друзьями по домам» [14].

Постижение высоких нравственных истин воспитанниками университетского Благородного пансиона осуществлялось на примерах биографий выдающихся деятелей прошлого – писателей, ученых, полководцев. Один из воспитанников пансиона С. М. Соковнин, описывая в ученическом сочинении жизненный путь Александра Македонского, выделял, например, такие штрихи биографии великого полководца: добродетель и мужество делали Александра героем, счастье – уничижало его, гордость делала его жестоким, гнев – убийцей друга, развращение – невольником и вскоре жертвою своих страстей. Исследование добродетелей и пороков позволяло воспитанникам пансиона правильно выбирать собственную жизненную линию, руководствоваться высокими моральными принципами.