В пансион принимались дети 9—14 лет. Срок обучения продолжался шесть лет. Для многих воспитанников пансиона это была поистине незабываемая пора. Вся атмосфера учебного заведения была пронизана духом творчества, свободомыслия. Здесь никто не чувствовал себя одиноким, обойденным вниманием старших и товарищей по учебе, каждый мог проявить и развить природный талант. Многие занятия проходили в форме деловых игр. Так, например, российское практическое законоискусство изучалось пансионерами как бы в процессе прохождения ими действительной службы в каком-либо государственном департаменте. Пансионерам доводилось побывать во всех возможных чинах и званиях – от простого писаря до председателя. Из архивов присутственных мест в учебные аудитории доставлялись гражданские и уголовные дела. Между учениками распределялись роли. Одни из них выступали в качестве истцов, ответчиков, свидетелей, другие играли роли протоколистов, секретарей и членов суда, третьи были стряпчими и прокурорами. Урок, организованный подобным образом, был не только интересным и полезным, но и запоминающимся, эмоциональным, максимально приближенным к реальной жизни. Впоследствии этот опыт получил прописку в Царскосельском лицее и других учебных заведениях, готовивших молодежь к государственной службе.

Своего расцвета университетский Благородный пансион достиг во времена, когда во главе его стоял блистательный педагог и организатор профессор Московского университета Антон Антонович Прокопович-Антонский. Назначенный руководителем пансиона в 1791 г., он посвятил ему более тридцати лет своей жизни. Воспитанниками пансиона в эти годы были И. П. Пнин, А. С. Грибоедов, В. А. Жуковский, многие будущие герои войны 1812 г., декабристы. Позднее здесь учились М. Ю. Лермонтов, В. Ф. Одоевский и другие творцы отечественной культуры, деятели науки и просвещения.

Воспитанник университетского Благородного пансиона кануна Отечественной войны 1812 г. поэт М. А. Дмитриев в полной скорбной печали элегии «Проданный дом» (1843), посвященной реальному факту продажи здания пансиона, вспоминая годы учебы в нем, писал:

Педагогическое кредо Прокопович-Антонского – воспитание души, способной к доброму и прекрасному. Его отличало редкостное умение соединять «строгость власти с добродушием и правдой». Ненавязчиво, но твердо он добивался от воспитанников Благородного пансиона, среди которых встречалось и немало избалованных семейным воспитанием детей и подростков, «спокойного выполнения долга». «Малейшее доброе слово Антонского, малейший знак его благоволения, – вспоминал много лет спустя один из воспитанников пансиона М. А. Дмитриев, – были для нас великою наградою и знаком хорошего признания в его мнении». В своих педагогических трактатах «О начале и успехах наук и в особенности естественной истории» (1791), «О воспитании» (1798) и других Прокопович-Антонский рассматривал воспитание как важнейшее средство совершенствования человека, его умственного и физического развития. Назначение воспитания он видел в подготовке для общества полезных членов. Большое значение педагог придавал развитию творческой индивидуальности своих воспитанников, помогая каждому из них раскрыть и осознать суть своей натуры, обрести силу Личности.