Отвечая на речи воспитанников, архимандрит Фаддей сказал: «В ответ на ваши желания сохранить со мной единение я должен сказать следующее. Духовное единение мое с теми, которых я любил и о которых имел попечение в прежних местах своего служения, сохранялось и сохраняется в моем сердце неизменно. Если многие совсем и забыли меня, то я не забыл их и сохраняю к ним свою любовь доселе. Тем более незабвенны навсегда останутся во мне добрые впечатления, заложенные в душе моей в здешней семинарии, в которой я более, чем в других дышал атмосферой любви».

Выслушав слово старшего преподавателя семинарии, в котором тот охарактеризовал его человеком науки и проповедником, архимандрит Фаддей сказал: «Та удивительная для меня самого устойчивость в труде, какую проявлял я в академии и в бытность преподавателем, объясняется любовью моей к юношеству духовному. Когда я был в Смоленске, то, живя в архиерейском доме, постоянно стремился в семинарию, как бы возводя очи свои в горы. Моя частая проповедь объясняется неудержимой потребностью души сказать слово, вызываемое непосредственными требованиями жизни: я чувствовал как бы огонь, горящий в сердце моем, заключенный в костях моих, который истомился, удерживая, и не мог удержать (Иер. 20: 9)».

На другой день состоялся отъезд архимандрита Фаддея из Уфы. По окончании занятий в семинарском храме был отслужен напутственный молебен, на котором присутствовали преподаватели и семинаристы. После молебна архимандрит Фаддей, обращаясь ко всем присутствовавшим в храме, сказал: «Оставляю вас с печалью и потому, что жизнь моя тесно связалась с жизнью вашей, и потому, что в здешней стране чувствовалось тепло и приятно; теперь же иду в северную страну, не зная, что встретит меня там, но заранее уготовляю себя на скорби, ибо на скорби всегда я и уготовлял себя прежде. Однако иду туда с верой во Христа, Который есть истинный путь и живот (Ин. 14: 6). Надеюсь, что с отъездом моим туда не прекратится совершенно мое единение с вами. Если кто получил через меня что-либо доброе, что дано было мне сделать по благодати Божией, то прошу воздать мне за это своими молитвами. Прочих же и всех вообще прошу простить меня».

И архимандрит Фаддей всем поклонился земным поклоном. Поклонились и ему все предстоящие, а затем стали подходить к нему под благословение и дружески прощаться. Но расставаться не хотелось. И вечером семинаристы и преподаватели собрались еще раз проститься с ним на вокзале.

В Олонецкой семинарии, находившейся в городе Петрозаводске, в обязанности архимандрита Фаддея входило административное управление учебным заведением с разрешением всех вопросов, возникавших как у корпорации преподавателей, так и у учащихся, и преподавание порученных ему предметов. 31 марта он был назначен редактором неофициальной части «Олонецких епархиальных ведомостей», в которых публиковались тогда исторические и богословские материалы, а также местная хроника значимых епархиальных событий.

Архимандрит Фаддей служил часто и всегда проповедовал. 22 февраля 1903 года, в субботу, после поздней литургии в петрозаводском Святодуховском кафедральном соборе он в сослужении соборного духовенства отслужил благодарственный молебен Господу в память освобождения крестьян от крепостной зависимости. 23 февраля, в Неделю 1-ю Великого поста, богослужение в кафедральном соборе отличалось особой торжественностью. Божественную литургию служил епископ Олонецкий Анастасий (Опоцкий) в сослужении архимандрита Фаддея и соборного духовенства. Вместительный Святодуховский собор был полон молящихся. После литургии было совершено Последование Недели Православия. «Возглашавшаяся диаконом и исполненная певчими „Анафема“ переносила мысли молящихся ко временам отдаленной христианской древности, когда могучий голос Церкви служил авторитетным выразителем суда над лжемыслящими и когда суд этот чувствовался и сознавался всеми…» – писал очевидец.