С того времени, как отец Иларион был назначен на административную должность, жизнь его совершенно переменилась. Родным он писал:

«Сейчас чувствую больше всего одно: совершенно выбит из колеи, разрушены до основания мои планы и намерения касательно ближайшего будущего, а оно у меня намечено было на целые годы. Настроение подавленное. Дел целая куча, в квартире базар, человек пятьдесят в день перебывает. Письма, телеграммы… Отвечать нужно, а иногда едва одно письмо в день написать ухитришься… Роптать не ропщу, потому что монах – церковная вещь. Личной жизни у него нет – одИн Куда поставят – берись и работай. Три года уж каникул у меня не было, на нынешние было рассчитывал, но вышло не по-моему. Слава Богу за все!»

Через год после пострига он писал:

«Хорошая вещь монашество, но оно прошло мимо меня почти мельком. Беда моя вся в том, что у меня нет одиночества, а без одиночества мне жить трудно; теряется покой».

В 1914 году академия отмечала свой столетний юбилей, но все юбилейные торжества были отменены, началась Первая мировая война. Во время всенародного молебствия на площади в Сергиевом Посаде архимандрит Иларион обращался к собравшимся:

«Пробил грозный час суда над русской землей. За последние десять лет мы все немало грешили. Мы, русские люди, допустили в нашей родной земле распространиться неверию. У нас небывалое прежде развращение нравов. Мы, русские люди, грешны пред нашей славной историей. Мы грешны пред памятью и заветами наших предков. Мы грешны пред нашими родными святынями. Стали мы терять страх Божий. Разучились любить царя и Родину. Мы привыкли поносить и хулить все свое и родное, хвалить и превозносить все чужое. Пришел час искупить пред Богом наши народные вины, наши народные грехи».

А своим студентам отец Иларион говорил о необходимости «освободительной войны» в богословии, освободительной от католического и протестантского влияния, от схоластического духа, проникшего в школьное богословие:

«В эти военные дни я и обращаюсь к вам с призывом. Вы освобождены от воинской повинности, вы сидите не в окопах, а за партами – так не уклоняйтесь от необходимого набора в воинство Христово, в действующую уже небольшую армию богословов! Схоластическая крепость – это наш, академический участок общего фронта».

В мае 1915 года за свои труды архимандрит Иларион был награжден орденом Cвятой Анны II степени.

После событий февраля 1917 года в академии произошли перемены. Новым обер-прокурором от Временного правительства В.Н.Львовым с должности ректора был смещен епископ Феодор, а временное управление академией возложено на инспектора архимандрита Илариона. Но уже в следующем учебном году (1917–1918) ректором был избран профессор А.П.Орлов, а архимандрита Илариона назначили помощником ректора.

Как инспектор, а потом проректор отец Иларион заботился в первую очередь о воспитании в студентах церковности. Он привлекал их к активной церковной, просветительской и проповеднической деятельности. С.Волков в своих воспоминаниях дал такой портрет владыки Илариона: «Высокий и стройный, c очень умеренной и пропорциональной полнотой, с ясным и прекрасным взглядом голубых глаз (он был немного близорук, но никогда не пользовался очками), всегда смотревший уверенно и прямо, с высоким лбом… с небольшой окладистой русой бородой, звучным голосом и отчетливым произношением, он производил обаятельное впечатление. Им нельзя было не любоваться… Пожалуй, целостность и была главной чертой его личности. Это смелый, исключительно талантливый человек все воспринимал творчески… Иларион благодатно влиял на меня своей личностью – прямотой, властностью в отстаивании своих убеждений, восторженностью совершаемого им богослужения, энергией и жизнерадостностью… У него самого была поразительная восторженность и любовь ко всему, что было ему дорого и близко, – к Церкви, к России, к академии, и этой бодростью он заражал, ободрял и укреплял окружающих». В воспоминаниях Волкова есть даже такая характеристика архимандрита Илариона: «Для меня Иларион стоит в одном ряду с такими лицами, как патриарх Никон… Илариону нужен был простор исторической арены, чтобы размахнуться чисто по-русски…»