10 мая 1920 г. Новомбергский был арестован органами ВЧК и привлечен к суду над колчаковскими министрами. 30 мая 1920 г. Чрезвычайным революционным трибуналом Сибири в Омске приговорен к лишению свободы с применением принудительных работ до окончания Гражданской войны. Однако перед Советской властью встала проблема восстановления хозяйства Сибири. Именно об этом думал и Новомбергский.

18 января 1921 г. с грифом «секретно» на имя председателя Сибревкома И.Н. Смирнова и председателя ВЧК Сибири И.П. Павлуновского был направлен труд Новомбергского «Хозяйственное расслоение сельского населения в Сибири (в связи с основными вопросами экономической политики)». В тексте самой работы она была датирована 30 ноября 1920 г.[28]

В своем «Жизнеописанию», он позднее писал, что книгу подготовил по заданию Сибревкома в Омске, сочинение осталось в рукописи, но размножалось для административных потребностей Сибревкомом[29].

Определяя приоритеты экономического развития, Новомбергский выступил сторонником первенства сельского хозяйства по отношению к промышленности. При этом он выступал за переориентацию сельского хозяйства с зернового производства на молочное скотоводство и мясошерстное овцеводство. В предполагаемой трансформации сельского хозяйства Новомбергский определенное внимание отводил совхозам и колхозам, как «культурно-агрономическим центрам». Ученый заключал: «Россия разорена, Сибирь лишь потрясена. Чтобы экономическая встряска не превратилась в трудно-поправимый хозяйственный развал, нужно торопиться вывести крестьянское хозяйство на другую дорогу»[30].

С февраля 1921 г. Новомбергский работал экономистом экономического отдела Сибревкома в Новониколаевске. В 1921 – декабре 1928 г. работал в Сибирской краевой плановой комиссии в Новониколаевске – Новосибирске: с 1921 г. – членом коллегии, с 1927 г. – заместителем председателя комиссии, с мая 1927 г. – председателем бюро по изучению производительных сил Сибирского края и председателем бюро по электрификации Сибири.

В декабре 1926 г. Новомбергский был назначен председателем комиссии при Сибплане по составлению генерального плана развития народного хозяйства Сибири на 15 лет. К этой работе он отнесся очень серьезно и разработал общую концепцию этого плана[31]. Материалах по подготовке генерального плана развития аграрного сектора Сибири на 15 лет (1926–1941) были опубликованы[32]. В последующем они были использованы при разработке планов первых пятилеток.

Кроме того, Новомбергский являлся членом правления Советского Общества изучения Сибири и ее производительных сил, членом редакции журнала «Жизнь Сибири», сотрудничал с периодическими изданиями «Советская Сибирь», «Биржевые бюллетени», «Сибирская экономическая жизнь» и др. Работа в Сибирской краевой плановой комиссии отразилась в ряде публикаций по экономическим проблемам Сибири 1920-х гг.[33]

Однако завоевать полное доверие партийных органов Новомбергскому не удалось. В условиях сворачивания нэпа и курса на коллективизацию он получил ярлык сторонника капиталистической реставрации и представителя «кондратьевщины». Возможно, с этим связана попытка Новомбергского уйти в мае 1927 г. на преподавательскую работу в Сибирский ветеринарный институт в Омске, о чем ходатайствовал ректор института[34]. К сожалению, это намерение ему реализовать не удалось.

В конце 1928 г. Новомбергский был уволен из Сибплана и лишен избирательных прав. Именно тогда он стал одним из главных героев «Обзора секретного отдела ПП ОГПУ по Сибирскому краю о настроениях интеллигенции»[35]. Прежде всего, ему приписали критику политики ВКП(б), якобы он говорил: «В политике партии наступил кризис. Коммунисты набрасываются на специалистов и фракционеров, обвиняя их во вредном влиянии на советский аппарат…Коммунисты превращают кооперацию из средства помощи населению в деле снабжения предметами первой необходимости в грабиловку». Далее, составители обзора приписывали ему критику избирательной системы: «Большего произвола, какой существует в СССР, в смысле выбора органов власти я не видел и история государства такого произвола не знает. Почти все порядочные люди, в том числе и я, лишены избирательных прав. Но мы радуемся тому, что мы не причастны к этому произволу».