Были спешно изготовлены еще одна корона, скипетр и держава. После этого Ивана V и Петра I короновали на царство со всей полагавшейся по такому случаю торжественностью. Так началось совместное царствование Ивана V и Петра I, которое продолжалось 14 лет – до начала 1696 года, до смерти русского царя Ивана V Алексеевича Романова. К слову сказать, младший брат относился к нему с большим уважением и ни в чем не «ущемлял» его прав.

29 мая «партия» Милославских торжествовала новую победу над Нарышкиными. В этот день царевна Софья Алексеевна объявляется правительницей Московского царства при малолетних государях Иване V и Петре I. То есть становится полноправной регентшей. Теперь имя «великой государыни, благоверной царевны и великой княжны Софьи Алексеевны» стали писать на всех указах вместе с именами обоих царей. Наталья Кирилловна правительницей уже не являлась, «передав» власть регентши своей падчерице.

Главой боярского правительства стал фаворит правительницы князь Василий Голицын. Он возглавил Посольский и ряд соединенных с ним приказов, а также Иноземный и Рейтарский приказы. Фаворит получил титул «дворового воеводы, ближнего боярина, наместника Новгородского, царственной большой печати и великих посольских дел оберегателя».

На этих важнейших государственных постах князь В.В. Голицын удержался до 1689 года. Он содействовал развитию торговли и ремеслам в стране, добился заметного улучшения внешнеполитического положения России, сумел в 1686 году заключить «вечный мир» с Речью Посполитой и не позволил царству ввязаться в военный конфликт на Балтике.

Первые месяцы правления Софьи делали ее власть в столице призрачной: там хозяйничали «буйные» стрельцы во главе с князьями – отцом и сыном Хованскими. Они не изменили своего независимого от Кремля поведения, хотя их и пытались задобрить раздачей денег и обещанием наград.

После майского Стрелецкого бунта активизировались раскольники, которых поддерживали все те же князья Хованские. На их стороне оказались «старые стрельцы Титова полка». Чтобы предупредить открытое «возмущение» раскольников, правительница Софья вместе с патриархом в июне 1682 года разрешила провести в Кремле диспут о вере духовных владык со старцами раскольников во главе с расколоучитилем Никитой Пустосвятом.

На проведении такого духовного состязания настояли московские стрельцы, среди которых оказалось немало раскольников. Спор духовных владык со старцами не привел ни к каким результатам. Через неделю Пустосвята с его ближними учениками схватили и бросили в застенок. Расколоучителя казнили, его учеников-старообрядцев отправили в ссылку, и таким образом религиозная проблема, вставшая перед Кремлем, получила должное разрешение.

Разделавшись с раскольниками, правительница Софья взялась за московских стрельцов. Если раньше для борьбы с Нарышкиными она всецело опиралась на них, то теперь в борьбе со стрелецким самоуправством царевна решила опереться на служилое дворянство. Действовала она на удивление современникам решительно.

19 августа великая государыня правительница Софья Алексеевна вместе с царями Иваном V и Петром I удалилась из столицы сперва в село Коломенское, оттуда в Савво-Сторожевский монастырь, а затем в Троице-Сергиев монастырь. Оттуда по уездам стали расходиться указы о сборе поместного дворянского ополчения под стены богатейшего и влиятельнейшего на Руси монастыря, представлявшего собой сильную каменную крепость.

В Смутное время Троица выдержала сильную осаду тушинцев и «людей польского короля»: те так и не смогли взять монастырь силой оружия. Поэтому место сбора поместного ополчения царевной Софьей и ее советниками было выбрано отнюдь не случайно.