Все это – и своеобразие мысли Оригена, и его широкая известность – легло в основу настоящего преследования богослова в его родном городе и подтолкнуло его к мысли навсегда покинуть его. В Александрии он успевает надиктовать еще несколько томов Комментариев на Бытие и по просьбе Амвросия начинает Комментарии на Евангелие от Иоанна, направленные против толкований на эту книгу гностика Ираклеона. Но весной 232 г. Ориген, взяв с собой экземпляры своих сочинений, отправился через Палестину в Афины, где надеялся найти для себя новую, подходящую по уровню философской подготовки аудиторию. Проездом через Кесарию Палестинскую он получает посвящение во пресвитера от епископа Феоктиста и продолжает путешествие, получая гостеприимство от местных церквей и приглашение проповедовать, в частности, в Кесарии Каппадокийской у епископа Фирмилиана.

Димитрий Александрийский не мог оставить этого без последствий и обратился за поддержкой к Папе Римскому Понтиану, осудив действия Феоктиста и изобразив Оригена как еретичествующего маргинала (в основном цитировался Диалог с Кандидом о том, что диавол должен-де спастись). Понтиан поддержал позицию Димитрия, не доходя, однако, до разрыва общения с Феоктистом и Александром и не упоминая об Оригене. Александр Иерусалимский запросил объяснений от Оригена письмом в Афины, где тот находился в это время. В ответ Ориген пишет большое автобиографическое Письмо, найденное впоследствии Евсевием в епархиальном архиве Иерусалима, из которого мы хорошо знаем его жизнь до этого момента. По поводу Диалога с Кандидом Ориген оправдывался тем, что в его экземпляре говорится лишь о возможности, а не о необходимости спасения диавола.

Александр и Феоктист обратились к Папе Понтиану с оправдательным письмом; узнав об этом, Ориген принял решение переселиться в Кесарию Палестинскую, где он и был рукоположен. Это произошло в 233–234 гг. одновременно со смертью епископа Александрийского Димитрия. По настоянию Амвросия Ориген, обосновавшись в Кесарии, продолжает начатые в Александрии Комментарии на Евангелие от Иоанна и Комментарии на Бытие. Последние он доводит до истории с Каином и Авелем (Быт. 4, 11–15), после чего меняет жанр на Схолии, кратко комментируя лишь отдельные важные или сложные места.

Этим способом он истолковывает все Пятикнижие. Как комментарии, так и схолии не произносились перед слушателями, но диктовались Оригеном скорописцам и были рассчитаны на образованного читателя. В это же время появляется трактат О молитве, говорящий о молитве вообще, а во второй части содержащий первое в истории христианской письмености толкование молитвы Господней.

Наступившее затем гонение императора Максимина Фракийца (235–238) затронуло в основном крупные города, такие как Рим, Александрия, Кесария Каппадокийская. Епископ Фирмилиан Кесарийский нашел убежище в Палестине, где беседовал с пресвитером Оригеном о различных богословских вопросах: по его собственному свидетельству, с большой пользой для себя. Ввиду угрозы ареста в Александрии своего мецената Амвросия и его духовника пресвитера Протоктета Ориген направляет им свое Увещание к мученичеству.

После смерти Максимина Фракийца (238) наступает мир для Церкви и расцвет деятельности Оригена. Юридический советник нового губернатора Кесарии, христианин, отдает своего родственника Феодора на обучение философии у Оригена, которое продлилось семь лет. По настоянию Амвросия Ориген продолжает свои экзегетические труды и доводит Комментарии на Иоанна до XXXI тома. По инициативе епископов Феоктиста и Александра он принимает участие в соборах, разбиравших дела епископов и клириков, обвиненных в ереси, высказываясь после епископов с целью опровержения ереси и утверждения правого учения. В частности, он принимает участие в соборе в Аравии, осудившем епископов Берила Бострского и Гераклида,