В первой и второй частях XXIII главы «Сжатое изложение против гайанитов» (251 строка) Синаит возвращается к полемике с афтартодокетами, в том числе и приводит запись богословского диспута, состоявшегося в Александрии.

В схолии, заканчивающей XXIII главу, прп. Анастасий возвращается к полемике с монофизитами, которая отражена в пятой части X и XI главах, по поводу Кириллова выражения «одна воплотившаяся природа Бога Слова».

В последней, XXIV главе (140 строк, согласно Оглавлению – «Отрицание из святого Дионисия, говорящее, что «Отец или Святой Дух никак не соучаствовали Воплощению Слова, разве только благоволением». Это касательно фразы Севира, что Отец и Святой Дух совоплотились с Сыном») преподобный отец вновь возвращается к теме, освещенной в XV–XVII главах. С помощью слов Дионисия Ареопагита из главы «О соединенном и раздельном богословии» труда «О божественных именах» и комментариев к нему прп. Максима Исповедника Синаит раскрывает православное учение о влиянии Воплощения Бога Слова на внутритроичные отношения.

В заключение главы и всего труда (XXIV, 93-140; 359) автор просит читателей простить его за возможные погрешности – «ведь только Бог безошибочен» (XXIV, 133–134; 359), – и вновь ссылается на авторитет отцов I и II Вселенских Соборов, утвердивших различие между понятиями «природа» и «ипостась», а также предостерегает от изменений и вставок, которые могут быть внесены в его труд при переписывании и могут исказить догматический смысл «Путеводителя».

Итак, хотя структура «Путеводителя» довольно сложна, но нельзя отказать ей в хорошей продуманности. Первые три главы формулируют философско-богословский аппарат и духовно-нравственные основы христологического богословствования, а также антиеретической полемики. В следующих главах терминология обильно иллюстрируется ссылками на Священное Писание и святоотеческое Предание. Дано историческое описание возникновения ересей вплоть до несторианства и монофизитства во всем его многообразии, указаны их философские и богословские корни. Подробно разбираются выражения Святых Отцов, опираясь на которые монофизиты формулировали свою христологию, дано их православное толкование. В основной же части труда дана полемика со всеми основными течениями монофизитства, в ходе которой подробно разбираются и опровергаются их аргументы. Большая часть этой полемики – описание реально состоявшихся диспутов между прп. Анастасием и монофизитскими богословами.

Уже в I главе «Путеводителя», в первой ее части, названной автором «Краткое предуготовление, проясняющее трудолюбцу то, что следует прежде изучать и знать» (I, 1, 1–3; 148), прп. Анастасий Синаит формулирует основы полемики с монофизитами и тем самым определяет задачу всего своего труда: дать православным методологический богословско-философский аппарат, сформулировать духовно-нравственные основы для познания веры и для полемики с еретиками, передать православным свой опыт антимонофизитской борьбы.

Но в основе подготовки к такой полемике лежит не только и не столько знание основ философии, книжного богословия и полемических методов, но необходимость «предварительно жить свято и иметь в себе вселившегося Духа Божиего» (I, 1, 4–5; 148), ведь причина ересей – страсти тщеславия, сребролюбия, человекоугодничества и высокомерия (III, 1, 56–79; 193). В этих словах автор кратко сформулировал святоотеческое учение о ступенях Богопознания, наиболее полно представленное в трудах свт. Григория Нисского «О жизни Моисея законодателя» и «Точное изъяснение Песни песней Соломона». В словах о познании православных догматов не интеллектом, а душой или сердцем (у прп. Анастасия буквально «грудью» – ἐκ στήθους – I, 1, 7; 148), автор «Путеводителя» кратко ссылается на роль сердца как «гносеологического принципа», на которой особенно акцентировали внимание церковные писатели аскетического направления