Пятая часть X главы (69 строк) толкует выражение свт. Кирилла Александрийского «одна воплотившаяся природа Бога Слова» (μία φύσις τοῦ Θεοῦ Λόγου σεσαρκωμένη).

XI глава «Замечание о выражении, называющем природу ипостасью. Откуда оно?» (46 строк) толкует те выражения свт. Кирилла, где он называет природы ипостасями.

XII глава «О спасительной страсти Христа и о “Святой, Бессмертный распятый…”» (224 строки) посвящена полемике с монофизитским пониманием теопасхизма (Θεός – Бог, πάσχω – страдаю). На примере вставки «распятый за нас» (ὁ σταυρωθείς ὑπέρ ἡμῶν) в Трисвятое монофизитами прп. Анастасий обвиняет оппонентов в усваивании Божественной природе Христа страданий, распятия и смерти. В полемике с теопасхизмом еретиков святой отец формулирует учение об общении свойств Божественной и человеческой природ Христа.

В XIII «Совместное обсуждение цитат отцов, которые приводят нам севириане против Халкидонского Собора, и благочестивое опровержение их» (1117 строк) и XIV «Аммония Александрийского против монофизитов» (212 строк) главах прп. Анастасий приводит обширную полемику против ереси афтартодокетов (ἀφθαρτοδοκῆτοι).

В XV «Другая глава против их нового праздничного [послания]» (96 строк), XVI «На слова во Христе обитает вся полнота Божества[129], благочестивое толкование» (52 строки) и XVII «Доказательство, что не совоплотился с Сыном Отец или Святой Дух» (59 строк) главах автор «Путеводителя» полемизирует с дамианизмом. Эта ересь фактически повторяет внутри монофизитства ересь Савеллия, сливающую Три Ипостаси Троицы в одну. Вследствие этого дамианиты учили, что все свойства, исповедуемые во Едином от Святой Троицы Христе должны одинаково усваиваться и Отцу и Святому Духу. Синаит показывает, что не только христология, но и триадология монофизитов является еретической. Прп. Анастасий православно разъясняет, как воплощение Слова сочетается с неизменностью Божественной природы.

В XVIII «Против неправильного понимания антропологического образа для Христа» (66 строк) и XIX «Глава нечестивого павлианиста» (45 строк) главах затрагивается проблема употребления так называемой «антропологической парадигмы» в христологии.

В XX главе «Основные умозаключения против безумных севириан» (94 строки) преподобный отец в виде кратких вопросов-апорий, направленных к монофизитам, опровергает их утверждение, что после соединения во Христе Божества и человечества можно говорить только об одной природе в Нем.

XXI глава «Другая краткая глава, в которой доказательство, что нельзя изменять догматы на противоположные» (201 строка) резюмирует аргументацию VI–X глав, свидетельствуя, что Святые Отцы, жившие как во время Нестория, так и до него, благочестиво (так как исповедовали соединение по ипостаси) употребляли дифизитские выражения, несмотря на то, что такие еретики, как Артемон, Ориген, Павел Самосатский, Феодор Мопсуэстийский и Диодор Тарсийский, основывая свое учение на разделении природ и лиц во Христе, активно использовали в христологии язык «двух природ». Для лучшей убедительности прп. Анастасий показывает единодушие Нестория Павлу Самосатскому параллельным цитированием. В конце главы Синаит кратко формулирует православное исповедание двух совершенных природ Христа: чистого Божества и безгрешного человечества, нераздельно ипостасно соединенных.

В XXII главе «Запись основных апорий к нам от неверующих. И глава Андрея несторианина» (328 строк) своего труда прп. Анастасий обсуждает проблемы истолкования Священного Писания и Святых Отцов, возникшие в ходе диспутов с монофизитами.