Мольтке составил план развертывания на дистанции около трехсот километров, от Саксонии до Нижней Силезии. По его замыслу армии, наступавшие по огромной дуге, должны были сойтись, только находясь в непосредственной близости от врага, можно даже сказать, фактически на поле боя. В этой операции должно было быть задействовано шесть седьмых всех прусских сил; никого не интересовала, к примеру, судьба Силезии, лишившейся защиты. В Центральной Германии слабая армия под командованием генерала фон Фалькенштейна должна была маскировать Ганновер, поскольку он решил присоединиться к государствам, находящимся в состоянии войны. На последней стадии эта армия, заявив о поддержке австрийцев, двинулась в направлении Рейна против контингента государств Южной Германии.

Безусловно, стратегия Мольтке была разумной. Однако стратегические принципы (по сути, простые) в основном не находили понимания, а может, те, с кем требовалось проводить консультации, были излишне осмотрительны. Тем не менее, Мольтке, успешно поборов дорингов и альвенштейнов, столкнулся с внушительной и труднопреодолимой преградой в лице кронпринца. Последний настаивал, и весьма успешно, на необходимости оставить в Силезии часть армии. Мольтке энергично протестовал. Защита и спасение Силезии, утверждал Мольтке, произойдет в Богемии.

Количество армий было сокращено до трех. Следует отметить, что, когда Бисмарк, не без помощи Роона, но в основном силой собственной власти приказал 8-му армейскому корпусу остаться в Кобленце для защиты Рейнской области, Мольтке, заручившись поддержкой короля, добился противоположного решения.

Теперь король формально поддерживал позицию Мольтке. Согласно приказу кабинета от 2 июня 1866 года, начальник штаба получил право издавать приказы. До последнего времени Мольтке занимался только составлением оперативных планов, но не их приведением в жизнь. Приказ кабинета отметил первый шаг Генерального штаба на пути к освобождению от зависимости.

К сожалению, принадлежность к королевской фамилии не гарантирует наличия тактических способностей. Действительно, две из трех прусских армий под руководством принцев крови скорее препятствовали, чем способствовали успеху операции. Но Мольтке, как никогда, был уверен в себе и в безупречности своих планов.

Часть планов Мольтке состояла в следующем. Ограничить роль итальянской армии и свести ее к удерживающим боям в Южных Альпах; более честолюбивый план, который включал наступление на Вену, был (пожалуй, разумно) отвергнут. Учитывая роль, отведенную итальянцам, австрийцам пришлось бы попусту растратить лучшие силы. Именно так и произошло. Эрцгерцог Альбрехт, наиболее видный кандидат из членов династии на командование войсками, поспешил устроиться на спокойный итальянский фронт под тем предлогом, что нельзя ставить репутацию династии под угрозу поражения от какой-то Пруссии.

Самое плохое, что могло бы произойти с Мольтке, так это то, что ему помешали бы в каких-то частностях, а лучшее, на что он мог надеяться, была победа, не имевшая решающего значения, которой он действительно добился. Командование богемской армией император передал генералу фон Бенедеку, прекрасному знатоку Италии, но совершенно незнакомому с Богемией. Бенедек умолял использовать его там, где бы он мог принести больше пользы. Франц-Иосиф категорически отмел его возражения. После войны Бенедеку, проигравшему битву, пришлось с почтительным вниманием выслушивать недовольство со стороны императора.

12 мая в Пруссии была объявлена мобилизация. В целом развертывание прошло согласно плану, несмотря на некоторые ошибки со стороны командиров и неуместную оригинальность, продемонстрированную фон Фалькенштейном. Прусские колонны ворвались в Богемию с трех сторон. Австрийская пехота, вся в белом, все еще вооруженная оружием, заряжаемым с дула, словно в старые времена, шла в штыковую атаку. Смертоносный огонь игольчатых ружей помог одержать победу в боях при Сооре, Скалице, Мюнгенграце, Тратенау и Швейнхаделе. 3 июня три прусские армии сошлись на поле боя, как это и было запланировано Мольтке, и провели невиданный по размаху бой на окружение (охватывающий бой).