Но постепенно Генеральный штаб освобождался от славы беспомощного, недееспособного органа. В начале войны деятельность Мольтке все еще была ограничена. Он только вносил предложения военному министру, в то время как директивные указания по ведению кампании исходили от короля и, пройдя военное министерство, поступали к Верховному главнокомандующему. К Мольтке не приходили даже отчеты о ходе кампании. На ранней стадии войны он пользовался исключительно информацией, получаемой в частном порядке от генерала фон Блюменталя, начальника штаба принца Карла-Фридриха. Мольтке удалось посетить ставку Верховного главнокомандующего, только когда наступление шло уже полным ходом.

В истории с выдвижением Мольтке рассказчик, как в хорошей детской сказке, нашел элемент счастливой случайности. После того как датчане отошли на укрепленные позиции и встал вопрос о наступлении на их позиции, Роон попросил короля привлечь к обсуждению Мольтке. Даже в том случае, когда король начинал военные действия, Мольтке оставался в Берлине. Основная причина продвижения Мольтке по служебной лестнице скорее связана не с объективным признанием его достоинств, а с тем фактом, что следовало уволить начальника штаба Врангеля генерала фон Фалькенштейна, неуживчивого, невероятно упрямого человека. Потребовался преемник, и Мольтке был временно назначен на эту должность.

Первой крупной прусской победой был штурм Дюппеля. Когда вмешательство Англии и Швеции привело к перемирию и Врангель был смещен с поста главнокомандующего, принц Карл-Фридрих попросил Мольтке остаться. После возобновления военных действий прусские войска заняли остров Алсен и всю Ютландию. Осенью был заключен мир.

Эти успехи впервые принесли Мольтке широкую известность и привлекли к нему внимание короля. Мольтке терпеливо ждал момента, когда его деятельность будет подтверждена успехом, и теперь, сославшись на возраст, можно будет уйти в отставку. Но король, как и Роон, признал заслуги Мольтке. Роон предпринял важный шаг. Он добился отставки Мантейфеля и заменил его на посту руководителя департамента личных дел генерал-майором фон Тресковом, выдержанным, объективным человеком, во многих отношениях близким по духу Мольтке. Это назначение имело далеко идущие последствия. Именно Тресков убедил короля приглашать Мольтке на все министерские заседания, где обсуждались вопросы Генерального штаба. Это было началом важнейших событий, но ни в коем случае не означало конец истории.

В вопросе герцогств Габсбург и Гогенцоллерн выступали как союзники; больше не требовался ответ на вопрос – кто из двоих должен занимать первенствующее положение в Германии. Мысль о войне против Австрии вызывала у Мольтке искреннюю неприязнь, и в этом он был не одинок; католики Силезии и Рейна активно выражали свой протест. Однако Бисмарк уже видел австрийцев на подходах к Берлину.

Можно было не сомневаться в направлении политики Бисмарка, и зимой 1865/66 года Мольтке анализировал положение исключительно с военной точки зрения. Он предвидел, что Франция и Россия будут сохранять нейтралитет, в то время как Саксония и государства Южной Германии останутся союзниками Австрии. Он не был уверен в отношении Курхессена и Ганновера, но не сомневался, что общие интересы сделают потенциального прусского союзника из Италии. Мольтке считал, что австрийцы перейдут в наступление и пройдут на Берлин через Саксонию. Поэтому внес предложение, двинувшись в Богемию из Саксонии и Силезии, нанести встречный удар.

Несмотря на поддержку Трескова, положение Мольтке как советника короля и посредника между королем и военным министром было все еще крайне ненадежно. Король предпочитал обсуждать военные вопросы с генерал-адъютантом фон Альвеншлебеном. Мольтке было трудно отстаивать свою позицию. Однако, несмотря на все сложности и протесты со стороны консервативных теоретиков вроде Альвеншлебена и полковника Доринга из Генерального штаба, Мольтке планировал нанести удар по основной австрийской армии с помощью четырех отдельных армейских подразделений, которые должны были сойтись в Богемии. Пруссия, имевшая в своем распоряжении пять железнодорожных линий, находилась в более выгодном положении, чем Австрия, имевшая всего одну железнодорожную ветку.