В 1118 г. Орден стал военно-монашеским и в начале XIII в. являлся основной военной силой христиан в Палестине, сдерживающей натиск мусульман. Но силы были неравными и в 1187 г. госпитальеры оставили Иерусалим и обосновались в Акке, а в 1291 г. и вовсе покинули Палестину

Вначале Орден обосновался на о. Кипр, а в 1307—1310 гг. – на о. Родос, который был отвоеван у Византии.

Последующие 214 лет своей истории рыцари-иониты вели тяжелую, почти непрерывную борьбу с турками, в которой не только упрочили свою славу, но и стали морской державой. С этого времени борьба христианских государств с турецким флотом не обходилась без участия кораблей ордена иоаннитов.

После падения Константинополя в 1453 г. орден Святого Иоанна остался единственным врагом турок в восточном Средиземноморье. Турки несколько раз пытались разгромить Орден, флот которого до конца XVIII в. обеспечивал безопасность мореплавания в Средиземном море, ведя борьбу с пиратами и мусульманскими флотами.

В 1480 г. иоанниты под предводительством Великого магистра Пьера д’Обюссона отбили атаку 70-тысячного турецкого войска. Однако в 1522 г. султан Сулейман осадил Родос силой в 700 кораблей и 200 тыс. войска (против 600 рыцарей и 5 тыс. солдат Ордена).

Больше года рыцари удерживали остров, но, не получив помощи от христианских стран, Великий магистр Филипп Вилье де Лиль Адам для спасения остатков своего ордена начал переговоры с турками. Султан предложил почетные условия сдачи, которые были приняты и в ночь на 1 января 1523 г. оставшиеся в живых рыцари на 50 судах покинули о. Родос.

В мае 1523 г. рыцари Ордена прибыл в Мессину, но чума заставила их покинуть город. Тогда император Карл V, стремясь усилить свое влияние в Средиземноморье, подарил Ордену в вечное владение г. Триполи на побережье северной Африки, недавно завоеванной испанцами, и острова Мальту, Гозо и Комино. Во владение островами Орден вступил 26 октября 1530 г. и с этого времени стал называться «Суверенный Военный Госпитальный Мальтийский Орден».

Триполи иоанниты смогли удержать до 1551 г., а остров Мальта стал надежным оплотом не только ордена, но и всего христианского мира в центре Средиземноморья.

Первое сражение у берегов Мальты, закончившееся поражением турок, произошло в июле 1551 г. А с 18 мая по 8 сентября 1565 г. Орден (400—700 рыцарей и 6—7 тыс. солдат), под командой гроссмейстера Жана Паризо де ла Валетта, имя которого ныне носит столица Мальты, выдержал осаду 100 тыс. турецкой армии и флота. 7 октября 1571 г. флот Ордена нанес крупное поражение турецкому флоту в заливе Лепанто.

В мае 1698 г. на остров Мальту к рыцарям-иоаннитам прибыл со свитой боярин Б. П. Шереметев – доверенное лицо московского царя Петра Алексеевича. Хотя в царской грамоте и значилось, что боярин следует на Мальту по «охоте его», а сам он объяснял свою поездку на остров желанием «большую себе к воинской способности восприять охоту», очевидно, что он имел дипломатические поручения по вхождению царства в антитурецкий союз. Очевидно, с этой же целью посетил рыцарей в июле 1698 г. и царский стольник П. А. Толстой. Однако затем контакты между Москвой и Мальтой прекратились.

Только в 1764 г. императрица Екатерина II поручила князю Д. А. Голицыну, своему посланнику в Вене, подобрать мальтийского рыцаря, сведущего в строительстве и управлении галерами. Позднее на обучение к мальтийским рыцарям были направлены русские военные моряки, которые провели там несколько лет.

Однако, несмотря на активность русского флота в Средиземном море во время русско-турецкой войны, Россия не проявляла особого интереса к Мальте, хотя в январе 1770 г. здесь появился первый поверенный в делах маркиз Кавалькабо. При представлении Великому магистру Пинто маркиз Кавалькабо передал сразу два письма от императрицы, в которых она просила оказать помощь эскадре Г. А. Спиридова и благодарила за прием офицеров на обучение.