Первым начальником Службы стал генерал Леонид Шидловский, который был одним из ветеранов Первого отдела и хорошо знал специфику оперативной работы в Генеральном штабе и особенности взаимодействия с руководством Министерства обороны. С 1991 по 2000 год министрами обороны были – маршал Язов, генерал армии Кобец, генерал-полковник Шапошников, президент Ельцин, генерал армии Грачев, генерал-полковник Родионов.

На коллегии Министерства обороны Родионов отказался делать доклад о положении в армии за 15 минут, как требовал от него Ельцин, и немедленно был отстранен от должности министра. Когда Ельцин предложил это сделать начальнику Генштаба Колесникову, тот тоже отказался и был прямо на коллегии освобожден от должности НГШ.

Следующим министром обороны стал генерал армии Сергеев, который вскоре стал первым маршалом России. Сменивший его на посту министра обороны генерал Иванов уволился в запас и стал первым гражданским министром обороны.

Начальниками Генштаба были генералы Моисеев, Лобов, Дубинин, Колесников, Самсонов, Квашнин, Балуевский… а начальниками ГРУ – генералы Михайлов, Тимохин, Лодыгин, Корабельников… И с каждым из них и с их командой военной контрразведке надо было установить доверительные и одновременно принципиальные и деловые отношения.

Непонятно, как при такой кадровой чехарде и неопределенности вектора развития вооруженных сил армия и государство смогли выдержать испытания двух чеченских военных кампаний и авантюру Грузии и НАТО в Южной Осетии. Спасали, как во все времена, запас прочности, накопленный за годы советской власти, патриотизм, героизм и стойкость русского солдата. Не случайно сейчас в кабинете начальника первой службы ДВКР в углу стоит манекен «зеленого человечка» с десантным беретом, подаренным командующим ВДВ генералом Шамановым, на котором надпись (не для печати), адресованная врагам России. Манекен этот появился в дни военного конфликта в Южной Осетии, но актуальность его не пропала в связи с событиями на Украине, в Сирии, далее – везде.

На базе второго отделения Первого отдела был создан 9-й отдел, куда перешли оставшиеся в ФСБ после 1991–1993 годов опытные профессионалы-разработчики контрразведки.

Наиболее продвинутые оперы все эти годы занимали ответственные должности в Администрации Президента и Совете безопасности или перешли в Управление собственной безопасности, Оргинспекторское управление и другие департаменты ФСБ.

Бывшие сотрудники отдела выросли в чинах и званиях и разбежались по многочисленным самостоятельным спецслужбам страны. По стечению обстоятельств некоторые из них стали представителями ФСБ в Германии, Египте, Израиле, Монголии, на Кубе и в странах СНГ.

Полковник Ткаченко после увольнения в запас вплотную занялся творчеством, стал членом Союза писателей и постепенно от стихов перешел к публицистике и написанию мемуаров по следам разоблаченных военной контрразведкой иностранных шпионов. Полковник Цветков переводом был назначен начальником ОКБ НИИ ГРУ, затем, после увольнения в запас, защитил докторскую диссертацию и перешел на работу в Министерство юстиции.

Полковник Маркелов от Оргинспекторского управления был прикомандирован к Совету безопасности, а друг Ткаченко – Ходарев возглавил отдел в Службе безопасности у олигарха Ходорковского. Легенда Первого и Девятого отделов полковник Безрученков возглавил крупное охранное предприятие, которое работало в тесном контакте с коллегами из ФСБ и ГРУ.

Подавляющее большинство военных контрразведчиков и в новой России нашли возможность проявить себя и продолжить традиции служения Родине. Все они для решения любых возникающих вопросов продолжали общаться между собой и с действующими сотрудниками ФСБ, хотя в здании на Лубянке появлялись очень редко, в основном накануне 20 декабря, которое теперь стало называться Днем сотрудников безопасности.