Если другие флоты только оборонялись, Черноморский флот и Дунайская флотилия в начале войны даже переходили в наступление. Первоначально флот действовал традиционно. Входы в базы прикрыли минными заграждениями. Подводные лодки вышли на патрулирование к неприятельским берегам. Морская авиация наносила удары по объектам в Румынии. Основными целями стали нефтяные месторождения в Плоешти и порт Констанца, через который вывозили нефть в Германию. Обстрел Констанцы осуществили и надводные корабли. Дунайская флотилия, отразив нападение, сама высадила десант на румынский берег. Командование ожидало от неприятеля высадки крупного воздушного десанта в Крыму по образцу захвата Крита. И действительно, Гитлер в приказе от 21 августа объявил одной из важнейших целей наступления на юге захват Крыма с его аэродромами. Однако задачу эту решали силами сухопутных войск.

Первые недели, пока неприятельские войска двигались сравнительно далеко, основными оставались традиционные вопросы. Подрыв на магнитных минах эсминца «Быстрый» и других судов вызвал необходимость изучить устройство этих мин и найти средства для борьбы с ними. Сотрудничество моряков с учеными позволило разработать магнитные тралы, а также ввести систему размагничивания для боевых кораблей.

22 июня 1941 года нарком ВМФ Кузнецов предписал ставить минные заграждения перед черноморскими портами. Это требование вытекало из того, что в Москве опасались появления на Черном море итальянского флота или нападений румынских и германских кораблей с целью выставить мины на подступах к портам. Мины, выставленные за июнь – июль, стали причиной затруднения для отечественного судоходства, на них погибло несколько кораблей и судов.

Сам Кузнецов считал, что потери на своих минных полях происходили из-за плохой организации переходов судов и слабой подготовки лоцманов[52]. В одной из книг своих мемуаров он писал, отвечая тем, кто критиковал минные постановки у черноморских портов при отсутствии опасности от неприятельских флотов:

«Бесспорно одно: минировать нужно продуманно. Следует помнить, что мины – угроза не только противнику, но и своим кораблям, что рано или поздно их придется тралить, что штормы срывают их и тогда они носятся по воле волн.

Я и теперь придерживаюсь мнения, что с оперативной точки зрения постановка оборонительных минных заграждений около своих баз не только на Черном море, но и на Дальнем Востоке была правильной. По идее своей минные поля не могут представлять сколько-нибудь серьезной опасности для плавания и в то же время дают почти полную гарантию командованию от появления в этих местах ночью или в тумане кораблей противника… Постановка минных полей, конечно, требовала ходить строго по фарватерам.

Считать применение такого мощного оборонительного оружия, как мины, неправильным лишь из-за того, что с ним прибавилось забот, – значило бы признавать свое неумение обращаться с ним»[53].

Тогда же, в июне-июле 1941 года, по данным разведки, на Черное море прибыли 10–12 итальянских подводных лодок и ожидали появления итальянских надводных кораблей и судов с десантом. Сообщали и о деятельности на Черном море германских подводных лодок. Поэтому, кроме минных постановок, Черноморскому флоту пришлось организовать патрулирование подступов к важнейшим портам. 7 июля нарком ВМФ, опираясь на данные разведки, даже приказал выставить в Керченском проливе сети, чтобы неприятельские подлодки не прошли в Азовское море. Разведданные, поступавшие в Москву из Севастополя, дезориентировали командование ВМФ. Ожидали высадку морского и воздушного десанта. 13 июля Кузнецов предупредил Военный совет Черноморского флота о возможных активных действиях противника на Черном море. Он писал, что «…оборона побережья на ближайшие дни должна считаться основной задачей Черноморского флота»