В середине августа Кузнецов хотел выехать на Балтийский флот, но задержало наступление неприятеля под Одессой. Только в конце месяца он получил разрешение Ставки Верховного Главнокомандования. В Ленинграде нарком ВМФ осмотрел только что отремонтированный крейсер «Максим Горький». В то время формировали первые морские отряды для боев на суше. Часть экипажа крейсера могла пойти на фронт, однако не было оружия (винтовки передали ленинградскому народному ополчению). На кораблях даже начали изготавливать ножи и сабли. Тогда еще никто не знал, что балтийцам придется послать на берег свыше 125 тысяч человек, сформированных в семь бригад и другие подразделения. 30 августа Кузнецов побывал в Кронштадте и выслушал отчет о Таллинском переходе, 31 августа он прибыл на форт Красная Горка. Так как 8-я армия отступала, оборону у форта занимали моряки, но им недоставало оружия. Наркому пришлось дать разрешение отбирать оружие у неорганизованно отходивших бойцов. В дальнейшем моряки с помощью береговой и корабельной артиллерии удержали форт и плацдарм у Ораниенбаума, оказали большую помощь в обороне и наступлении. Можно считать, что именно артиллерия флота явилась основной силой, которая преградила неприятелю путь к Ленинграду.

В начале сентября германские войска у Ивановских порогов вышли к Неве. Кузнецов узнал об этом от женщины, позвонившей по городскому телефону в Смольный. На другом берегу реки строили береговые батареи моряки. Они и начинали борьбу с неприятелем, остававшимся за Невой до конца блокады. Вскоре морякам пришлось создавать Невскую морскую укрепленную позицию, высаживать десанты под Шлиссельбург[46].

Город оставался в критическом положении. Корабельная артиллерия составила основную огневую силу обороны. Гитлеровцы в сентябре бросили значительные силы авиации, которые тяжело повредили линкор «Марат»; имели повреждения и другие корабли. Когда после возвращения Кузнецов встретился со Сталиным, тот, выслушав доклад об обстановке, сказал, что положение исключительно серьезное, и приказал: «Составьте телеграмму командующему и отдайте приказание, чтобы все было подготовлено на случай уничтожения кораблей». Уже с конца августа на флоте готовили предварительный план минирования кораблей. Но решение о начале минирования было слишком серьезным. Николай Герасимович ответил, что его авторитета будет недостаточно, ибо флот подчинен Ленинградскому фронту и нужна подпись самого Верховного главнокомандующего. Сталин предложил подписать документ у начальника Генерального штаба, но и Б.М. Шапошников не решился. Он с Кузнецовым принес подготовленную телеграмму Сталину, однако тот телеграмму не подписал и оставил у себя. Позднее Николаю Герасимовичу пришлось напомнить о ней, когда в Москву пришла телеграмма, обвинявшая В.Ф. Трибуца в паникерстве и преждевременном минировании кораблей[47].

О том, какое международное значение имела судьба Балтийского флота, свидетельствуют обязательство англичан возместить ущерб в случае уничтожения его кораблей, и ответ Сталина, что ущерб должна возместить Германия[48].

В начале октября германское наступление поставило под угрозу столицу СССР. В первой половине месяца нарком ВМФ в соответствии с постановлением ГКО приказал выделить с флотов 35–40 тысяч моряков для формирования 25 морских стрелковых бригад. Он также приказал сформировать для обороны Москвы 5–6 бригад из состава моряков Тихоокеанского флота и Амурской флотилии. Подготовленный им проект решения ГКО был утвержден на заседании 18 октября 1941 года. Узнав о начале эвакуации Наркомата обороны, Кузнецов побывал в Ставке и получил указание вывезти Наркомат ВМФ, оставив в Москве минимум людей. Нарком отдал распоряжение перевести управления наркомата в Куйбышев и Ульяновск. Пришлось выехать на Волгу и Н.Г. Кузнецову, чтобы добиться помещений для эвакуированных работников штаба и узла связи. После возвращения он прибыл в почти пустое здание наркомата, где оставался Л.М. Галлер