В середине V в. многие пифагорейцы из Кротона были убиты. Нападки на учеников Пифагора продолжались и в других городах. Уцелевшие философы были вынуждены скрываться, разнося по всему миру свое учение. За счет этого к концу пятого века до н. э. пифагорейство пережило этап недолгого процветания. Пифагореец Архит достиг большого политического значения в городе Таренте как военачальник и государственный деятель, что обеспечило пифагорейству защиту и даже некоторую популярность. Однако в шестом веке до н. э. учение и школа Пифагора пришли в окончательный упадок.

В общем и целом, пифагорейская школа просуществовала почти два столетия – с последней трети VI в. до н. э. по вторую половину IV в. до н. э. В состав союза помимо философов – Пифагора, Гиппаса, Филолая, Тимея – входили также известные врачи Алкмеон и Демокед, скульптор Поликлет, драматург Эпихарм, биолог Менестор, математик и механик Архит и др.

Вероятнее всего сам Пифагор не оставил после себя ни одного сочинения. В связи с этим невозможно утверждать наверняка, что в действительности являлось частью учения пифагорейцев, а что было добавлено более поздними античными авторами. Основными источниками знаний о союзе являются сочинения Платона и Аристотеля, а также фрагменты сохранившихся трудов Филолая.

Пифагор Самосский (Πυθαγόρας ὁ Σάμιος) (580—570 – ок. 490 гг. до н. э.) – древнегреческий философ, создатель школы пифагорейцев. По мнению знаменитого древнегреческого историка Геродота, Пифагор являлся «величайшим эллинским мудрецом» (Геродот, 4.95).

Основными источниками о жизни Пифагора являются дошедшие до нашего времени работы Ямвлиха (242—306 гг.) «О Пифагоровой жизни»; Порфирия (234—305 гг.) «Жизнь Пифагора» и Диогена Лаэртского (200—250 гг.) «Пифагор». Необходимо еще раз упомянуть о том, что Пифагор не оставил собственных письменных трудов, и все биографические сведения о философе основываются прежде всего на трудах его учеников, которые могли быть не слишком искренни в своем отношении к учителю, несколько приукрасив действительность.

Пифагор, вероятнее всего, был знатного рода. Часто встречается точка зрения, согласно которой отец философа Мнесарх был богачом. Многие источники отмечают, что рождение будущего философа предсказала Пифия в Дельфах. Ребенок был назван Пифагором, что, собственно, и означает «тот, о ком объявила Пифия». По предсказанию Пифии, ребенок «будет выделяться среди всех когда-либо живших красотой и мудростью и своим образом жизни принесет огромную пользу человеческому роду» (Ямвлих. О Пифгоровой жизни. II, 5).

Биографы отмечают также, что Пифагор был семейным человеком – у него была жена и двое детей.

Порфирий и Диоген Лаэртский пишут в своих книгах о том, что уже в юности Пифагор в поисках новых знаний отправился в Египет. Он был снабжен рекомендательными письмами от правителей города фараону Амасису, что позволило ему получить разрешение общаться с египетскими жрецами и попасть за многие «закрытые двери». В книге Ямвлиха «О Пифагоровой жизни» автор утверждает, что Пифагор покинул отчий дом в возрасте 18 лет, путешествовал по разным странам четыре года, а затем пробыл в Египте 22 года. Спустя это время, Пифагор попал в плен к персидскому царю Камбизу и был отправлен в Вавилон, где провел в рабстве 12 лет. Пифагору удалось вернуться в свой родной Самос лишь в возрасте 56 лет.

Однако Порфирий в своих сочинениях высказывает совсем другую историю относительно жизни Пифагора. Так, по его мнению, Пифагор покинул Самос лишь в возрасте 40 лет в связи со своим несогласием с тираническим правлением Пликрата.